Ego. ego é um programa de dinâmica molecular paralelo.
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Ego. Classificação e resumo

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ego. paralelo molecular Programa Dynamics.

Ego. Descrição

O ego é um programa de dinâmica molecular paralelo. O ego é um programa para calcular as trajetórias de dinâmica molecular. Está escrito na linguagem de programação C. EGO é executado como um programa massivamente paralelo com alta eficiência em um computador paralelo PowerXplorer (ParSytec) e CC (ParSytec) usando Parix.Para ser um ego altamente portátil usa PVM e MPI em clusters de estação de trabalho, o Cray -T3d, Cray-t3e, o IBM-SP2 e outros computadores paralelos. O ego mais adicional pode ser compilado para executar sequencial e, portanto, pode ser executado em qualquer sistema de trabalho do UNIX ou sistema Windows NT / 95. Nós usamos o ego para calcular as trajetórias para sistemas moleculares contendo mais de 35.000 átomos com átomos estendidos (ou seja, hidrogénios não polares são tratados implicitamente em termos de tipos de átomos especiais) ou com átomos de hidrogênio explícitos. O EGO usa um esquema de integração de verlet modificado. Arquivos de entrada para o ego consistem em arquivos PDB do Brookhaven Protein Data Bank para as coordenadas atômicas, e arquivos de parâmetros X-PLOR-Compatible para informações de topologia e constantes de força. As simulações de dinâmica moídas evoluíram em códigos, como charmm e x-plor. movimentos em pequenas moléculas, proteínas e ácidos nucleicos, a fim de entender melhor a estrutura molecular e functompared para o ego X-PLOR é um pacote mais extenso para a determinação da estrutura de macromolécula e refinamento escrito pelo professor Axel Brnger agora nos departamentos de biofísica e bioquímica na Universidade de Yale. X-PLOR possui capacidades de manipulação de estrutura de moléculas e outros recursos úteis que complementam a potência de computação do ego para o trabalho de dinâmica molecular (MD). Porque EGO e X-PLOR compartilham formatos de arquivo de dados comuns, é importante entender quais recursos eles compartilham e como eles diferem. Uma comparação mais detalhada entre eles está contida no Apêndice B.in Dinâmica Molecular Cálculos As equações de movimento de átomos em moléculas são resolvidas por integração numérica. As interações eletrostáticas e van der waals representam forças não-ligadas entre os átomos e as interações ligadas entre os átomos (ligados) são representados por potenciais de alongamento, torção e resgate a estear. O esforço computacional das forças de curto alcance aumenta linear com o número N dos átomos e é para sistemas suficientemente grandes (n> 100) negligenciáveis em comparação com o esforço computacional causado pela interação Coulomb, que aumenta com N2.Para reduzir este enorme esforço computacional desenvolvemos um método que combina um método multifuncional rápido (FMM) e um múltiplo Timestep Método para avaliação rápida e suficientemente precisa de interações Coulomb. O FMM é baseado em uma expansão multipole do potencial de coulomb para uma determinada ordem para uma subdivisão hierárquica de espaço.Master do que usar uma subdivisão cúbica do espaço - como a maioria das implementações do FMM - nós escolhemos uma estrutura adaptada método de decomposição . Este método aproveita o conhecimento sobre características estruturais e dinâmicas das biomoléculas e ajuda a reduzir o esforço computacional. O método múltiplo de Timestep é baseado no fato de que a influência dos átomos separados distantes varia lentamente com o tempo e, portanto, a contribuição desses As interações podem ser avaliadas com menos freqüência. A combinação desses algoritmos, implementada no ego que denominamos fast múltipla estrutura de timestep adaptada método multipole (famusamm).

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