Bio :: db :: gff :: recurso Bio :: DB :: GFF :: O recurso é um segmento relativo identificado por um tipo de recurso.
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Bio :: db :: gff :: recurso Classificação e resumo

Bio :: db :: gff :: recurso Tag

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Bio :: db :: gff :: recurso Descrição

Bio :: DB :: GFF :: O recurso é um segmento relativo identificado por um tipo de recurso. Bio :: DB :: O recurso é um segmento relativo identificado por um recurso tipo.bio::Db::GFF::Feature é um trecho de seqüência que correspondente a uma única anotação em um banco de dados GFF. Ele herda da Bio :: DB :: GFF :: Relissagem, e assim tem todo o apoio ao abordagem relativa desta classe e de seus ancestrais. Também herda da Bio :: Seqfeaturei e assim tem o site familiar (), parada (), primário_tag () e métodos de localização (implementa bio :: locationi também, se necessário) .bio :: db :: gff :: : O recurso adiciona novos métodos para recuperar o tipo, o grupo e outros atributos da anotação. Os tipos de anotação são representados pelo Bio :: DB :: GFF :: Typename Objects, uma classe simples que tem dois métodos chamados método () e fonte (). Estes correspondem aos campos do método e de origem de um arquivo GFF.Anotation Grupos Sirvam o propósito duplo de dar à anotação de um nome legível por humanos e fornecendo agrupamentos de ordem superior de subfeatures em recursos. Os grupos retornados por este módulo são objetos do Bio :: DB :: FeatName Class.bio::Db::GFF::Feature herda e implementa os métodos abstratos de Bio :: Seqfeaturei, permitindo que ele interopere com Outros módulos BioPerl.Geralmente, você não criará ou manipulará os objetos do BIO :: DB :: Recurso diretamente, mas use aqueles que são retornados pelo método BIO :: DB :: GFS :: Relissões-> Recursos (). NOTA IMPORTANTE SOBRE START () VS END () Se os recursos forem derivados de segmentos que usam endereços relativos (que é o padrão), então Iniciar () será menor que final () se o recurso estiver no fio oposto da sequência de referência . Isso quebra Bio :: Seqi Conformidade, mas é necessário evitar que os locais genômicos reais designados por lugares iniciados () e end () trocam ao alterar pontos de referência. Para evitar esse comportamento, chame $ segment-> Absolute (1) antes de buscar características dele. Isso forçará tudo em coordenadas absolutas. Por exemplo: meu segmento de $ dB-> segmento ('cromossoma_i'); $ segment-> absoluto (1); Meus @Features = $ segment-> Recursos ('Transcrição'); Requisitos: · Perl.

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