Bio :: Sage :: Dataprocessing Bio :: Sage :: Dataprocessing Módulo Processa a análise serial bruta de dados de expressão gênica (sábio).
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Módulo Perl. expressão análise de genes Análise Sávia. gene

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Bio :: Sage :: Módulo Dataprocessing Processes ANÁLISE DE SERIAL RAW DE DADOS DE EXPRESSÃO GENE (SAGE). BIO :: Sage :: Dataprocessing Módulo Processos ANÁLISE DE SERIAL RAW de expressão gênica (sábio) Data.Synopsis Use Bio :: Sage :: Dataprocessing; $ Sage = Bio :: Sage :: Dataprocessing-> Novo (); # Abrir seqüência e arquivos de qualidade abertos (lê, "biblioteca.fastea"); aberto (qual, "biblioteca.qual.faste"); # Colete Ditags e estatísticas das leituras $ Sage-> Process_Library (* Leituras, * Qual); # Fechar arquivos próximos (leituras); fechar (qual); # Tags de saída em ordem decrescente de expressão minhas tags% =% {$ sage-> get_tagcounts ()}; aberto (tags, "> biblioteca.tags"); Mapa {Imprimir tags Join ("T", $ _, $ tags {$}}). "n"} classificar {$ tags {$ b} $ tags {$ a}} keys% tags; fechar (tags); # Tag Aaaccggtt corresponde a dois genes diferentes # então 15º par base pode ajudar a resolver este $ sage-> print_extra_base_calculation ($ sage-> get_extract_base_calculation ("Aaaccgggtt")); este módulo fornece várias ferramentas para processamento e analisar a análise serial da expressão gênica (sábio ) Bibliotecas.Serial Análise da expressão gênica (sábio) é uma técnica molecular para gerar um instantâneo quase global do transcriptoma da população de células. Resumidamente, a técnica extrai sequências curtas em posições definidas de mRNA transcrito. Estas sequências curtas são então emparelhadas para formar ditags. Os ditags são concatamerizados para formar sequências longas que são então clonadas. O DNA clonado é então sequenciado. As técnicas bioinformáticas são então empregadas para determinar as seqüências originais de tags curtas e derivar seu mRNA progenitor. O número de vezes que uma etiqueta específica é observada pode ser usada para quantificar a quantidade de uma determinada transcrição. A técnica original foi descrita por Velculescu et al. (1995) e utilizar uma tag de sequência ~ 14bp. Um protocolo modificado foi introduzido por Saha et al. (2002) que produziu ~ 21bp tags.purposThis módulo facilita o processamento de dados sásticos. Especificamente: 1. Extraindo Ditags de leitos de sequência bruta. 2. Extraindo tags de Ditags, com a opção de excluir tags se as pontuações de phos (descritas pela EWING e GREEN, 1998A e Ewing et al., 1998b) não atendem a um valor mínimo de corte. 3. Calculando valores descritivos 4. Análise estatística para determinar, sempre que possível, nucleótidos adicionais para estender o comprimento da tag sálvia (facilitando a etiqueta mais precisa para o mapeamento do gene) .both sage regular (14mer tag) e longsage (21mer tag) suportado por este módulo. Os futuros protocolos devem ser configuráveis com este módulo.Requirements: · Perl O que é novo nesta versão: · Menor erros de ortografia e uso indevido de terminologia fixados em documentos. O módulo agora permite arquivos FASTA com uma linha em branco seguindo o cabeçalho (denotando uma tentativa de leitura sem seqüência), mas imprime um aviso para Stderr que isso aconteceu. Módulo morreu anteriormente.

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