Bio :: Matrix :: PSM :: Instance bio :: matrix :: psm :: instancesite é uma ocorrência do site PSM.
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Bio :: Matrix :: PSM :: Instance Classificação e resumo

Bio :: Matrix :: PSM :: Instance Tag

Módulo Perl. local local PSM ocorrência no local PSM.

Bio :: Matrix :: PSM :: Instance Descrição

Bio :: Matrix :: PSM :: Instance é uma ocorrência do site PSM. Bio :: Matrix :: PSM :: InstanceSite é uma ocorrência do site PSM.Synopsis Use Bio :: Matrix :: PSM :: Instance; #Você pode obter um objeto instances de um arquivo: minhas ($ instâncias, $ matriz) = $ steppsmfile-> parse_next; #or da memória my% params = (SEQ => 'Tataat', id => "tatabox1", adesão => 'ensg00000122304', meados => 'tb1', desc => 'tata caixa, verificada experimentalmente em gene prm1' , reles => - 35); Interface abstrata para ocorrência do site PSM (correspondência de seqüência de psm). Os objetos de instâncias podem ser usados para descrever um PSM (veja Bio :: Matrix :: PSM :: Sitematrix) sequence. A característica usual de tal partida é coordenadas de sequência, pontuação, seqüência e sequência (gene) identificador - número de adesão ou outro ID. Este objeto herda da Bio :: locatableq (que define a sequência real) e pode conter um objeto sitematrix, usado Para detectar o CRE (Elemento Regulamentar) ou criado a partir deste CRE.Enquanto a documentação afirma que a combinação do ID do MOTIF e do gene ID (adesão) deve ser única, isso não é inteiramente verdade - pode haver mais de uma ocorrência de o mesmo elemento cis-regulamentar na região a montante do mesmo gene. Portanto, reles seria o terceiro elemento para criar uma combinação realmente única. Requisitos: · Perl.

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