Bio :: Índice :: Blast

Bio :: Índice :: O Blast é um módulo Perl com índices Explasion Relatórios e suporta recuperação com base na (s) adesão (s) de consulta.
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  • Jason Stajich
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  • http://search.cpan.org/~birney/bioperl-1.4/Bio/PopGen/IO.pm

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Bio :: Index :: O Blast é um módulo Perl com índices explosões e suporta recuperação com base na (s) adesão (s) de consulta. Bio :: Index :: O Blast é um módulo Perl com índices Explasion relatórios e suporta recuperação com base na (s) adesão (s) de consulta .Synopsis use rigoroso; Use Bio :: Índice :: Explosão; meu ($ indexfile, $ file1, $ file2); Meu Índice $ Index = New Bio :: Índice :: Blast (-FileName => $ IndexFile, -Write_Flag => 1); $ index-> make_index ($ file1, $ file2); meu ID $; Meus $ Data = $ index-> get_stream ($ ID); meu $ bplite_report = $ index-> fetch_report (ID $); Imprimir "Consulta é", $ BPLITE_REPORT-> Consulta, "N"; enquanto (meu $ SBJCT = $ bplite_report-> nextsbjct) {imprimir $ sbjct-> nome, "n"; Enquanto (meu $ hsp = $ sbjct-> nexthsp) {imprimir "t e-value", $ hsp-> p,} imprimir "n"; } Esse objeto permite criar um índice em um arquivo de explosão (ou arquivos) e fornecer acesso rápido ao relatório de explosão dessa adesão. Nota: Para melhores resultados 'use rigoroso'. Requisitos: · Perl.


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