Bio :: Árvore :: DistânciaFactory Bio :: Árvore :: DistanceFactory é um módulo Perl para construir uma árvore usando métodos baseados em distância.
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Bio :: Árvore :: DistânciaFactory Descrição

Bio :: Árvore :: DistanceFactory é um módulo Perl para construir uma árvore usando métodos baseados em distância. Bio :: Árvore :: DistanceFactory é um módulo Perl para construir uma árvore usando métodos baseados em distância.synopsis Use Bio :: Árvore :: DistringFactory; Use Bio :: Alignio; Use Bio :: Alinhar :: Dnastatística; Minha $ TFactory = Bio :: Árvore :: DistânciaFactory-> Novo (-Method => "NJ"); Minhas $ Stats = Bio :: Alinhar :: Dnastatística-> Novo (); Meu $ Alnin = Bio :: Alignio-> Novo (-Format => 'Clustalw', -File => 'file.aln'); Meu $ ALN = $ Alnin-> Next_Aln; # Da matriz de curso pode vir de um lugar diferente # como o Phylip Se você preferir, Bio :: Matrix :: IO deve ser capaz de analisar muitas coisas Meu $ Jcmatrix = $ stats-> distância (-align => $ ALN, - Método => 'Jukes-Cantor'); Minha $ Tree = $ TFactory-> make_tree ($ jcmatrix); esta é uma fábrica que irá construir uma árvore filogenética com base nas distâncias de seqüência de pares para um conjunto de seqüências. Atualmente, os métodos de construção de árvores são implementados. Requisitos: · Perl.

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