Bio :: Árvore :: Compatível Bio :: Árvore :: Compatível é um módulo Perl para testar a compatibilidade de árvores filogenéticas com taxas aninhadas.
Baixe Agora

Bio :: Árvore :: Compatível Classificação e resumo

Bio :: Árvore :: Compatível Tag

filogenético Árvores filogenéticas Árvores taxa aninhada Teste de compatibilidade.

Bio :: Árvore :: Compatível Descrição

Bio :: Árvore :: Compatível é um módulo Perl para testar a compatibilidade de árvores filogenéticas com taxas aninhadas. Bio :: Árvore :: Compatível é um módulo Perl para testar a compatibilidade de árvores filogenéticas com taxas aninhadas.Synopsis Use Bio :: Árvore :: Compatível; Use Bio :: Treeio; Meu $ Entrada = New Bio :: Treeio ('- Format' => 'Newick', '-File' => 'input.tre'); Meu $ T1 = $ input-> next_tree; meu $ T2 = $ input-> next_tree; meu ($ incompat, $ ilabels, $ inodes) = $ t1-> is_compatible ($ T2); if ($ incompat) {my% cluster1 =% {$ t1-> cluster_representation}; meu% cluster2 =% {$ t2-> cluster_representation}; Imprimir "Árvores Incompatíveis"; if (escalar (@ $ ilabels)) {foreach meu rótulo $ (@ $ ilabels) {my $ node1 = $ t1-> find_node (-id => $ etiqueta); meu $ node2 = $ t2-> find_node (-id => $ etiqueta); meu @ c1 = sort @ {$ cluster1 {$ node1}}; meu @ c2 = sort @ {$ cluster2 {$ node2}}; Imprimir "Label $ Label"; Imprimir "cluster"; Mapa {Print ", $ _} @ C1; Imprimir "cluster"; Mapa {Print "", $ _} @ C2; Imprimir "n"; }} Se (escalar (@ $ inodes)) {while (@ $ inodes) {my $ node1 = shift @ $ inodes; Meu $ Node2 = Shift @ $ inodes; meu @ c1 = sort @ {$ cluster1 {$ node1}}; meu @ c2 = sort @ {$ cluster2 {$ node2}}; Imprimir "cluster"; Mapa {Print ", $ _} @ C1; Imprimir "intersecta corretamente o cluster"; Mapa {Print "", $ _} @ C2; Imprimir "n"; }}} else {imprimir "trees compatíveis"; } Bio :: Árvore :: Compatível é uma ferramenta Perl para testar a compatibilidade de árvores filogenéticas com taxas aninhadas representadas como Bio :: Árvore :: Objetos da árvore. É baseado em uma caracterização recente da compatibilidade ancestral de árvores semi-rotuladas em termos de suas representações de cluster. Uma árvore semi-marcada é uma árvore filogenética com alguns de seus nós internos rotulados, e pode representar uma árvore de classificação, bem como Árvore filogenética com táxuas aninhadas, com nós internos rotulados correspondendo ao táxu em um nível mais alto de agregação ou nidificação do que a de suas descendentes. As árvores semi-marcadas são compatíveis se suas restrições topológicas às etiquetas comuns são tais para cada etiqueta de nó, Os menores aglomerados que contêm em cada uma das árvores coincidem e, além disso, nenhum cluster em uma das árvores intercepta adequadamente um aglomerado da outra árvore. Extensões de Bio :: Tree :: Compatível incluem uma Bio :: Tree :: Supertree Módulo para combinar árvores filogenéticas compatíveis com taxas aninhadas em uma supertree comum. Requisitos: · Perl.

Bio :: Árvore :: Compatível Software Relacionado