Produto Pesquisa arquivos PDB para alinhamentos estruturais de proteína candidata
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proteína seqüência Pdb. Alinhamento de proteína.

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O PRODAR, também conhecido como o radar de proteína é construído como uma ferramenta de pesquisa que consulta o PDB para alinhamentos estruturais candidatos. A entrada para a pesquisa é uma estrutura de backbone de proteína lida de um arquivo PDB padrão (texto), e os resultados retornados são baseados somente na similaridade estrutural do backbone, sem qualquer consideração para as informações de seqüência. A ProDar identifica correspondências parciais, de modo que uma seção relativamente pequena da estrutura de consulta pode ser combinada contra seções de outras estruturas no PDB, independentemente do tamanho relativo das cadeias. A intenção é que a ferramenta identifique automaticamente domínios e motivos comuns em estruturas de proteína diferente. Estes podem ser estruturalmente alinhados em uma ferramenta diferente para encontrar um RMSD (ProDar apenas faz sugestões).

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