Círculos RDM. Um programa para automatizar a análise comparativa da estrutura secundária de RNA
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Círculos RDM. Classificação e resumo

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Círculos RDM. Descrição

O aplicativo RDM Circles foi projetado para ser um programa experimental do Windows para inferir estrutura secundária de RNA usando o método comparativo. A análise comparativa é o método preferido de inferir a estrutura secundária de RNA, mas seu uso requer experiência considerável e esforço manual. Como a importância da estrutura secundária para alinhamento de seqüência precisa e análise filogenética torna-se cada vez mais realizada, a necessidade de modelos de estrutura secundária para diversos grupos taxonômicos se torna mais pressionamentos. A correspondência máxima de peso (MWM) é uma abordagem teórica de gráfico para inferir a estrutura secundária de RNA que mostra uma promessa considerável. É preciso como um conjunto de pontuações de pareamento de base que podem ser derivadas de uma série de fontes, como considerações de energia gratuitas, informações mútuas ou dados experimentais. Esses dados podem ser representados como um gráfico dobrável onde os vértices são posições de alinhamento, e as linhas ou bordas que conectam um par de vértices recebem um peso proporcional à quantidade de evidência para esse emparelhamento. Uma correspondência é um subgraph do gráfico dobrável no qual nenhum vértice é conectado a mais de um outro vértice. A correspondência com o maior peso total de borda é a melhor estimativa da estrutura de RNA. Esta correspondência pode incluir informações sobre a estrutura secundária e terciária, como pseudoknots. O MWM pode acelerar muito o processo de análise de estruturas comparativas de sequências de RNA e foi testada com sucesso em TRNA, RNA SRN e seqüências de 16s RRNA.

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