pkksrg. RNA dobrável e utilitário de correspondência termodinâmica.
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pkksrg. Descrição

O PKKNOTSRG é uma ferramenta para dobrar estruturas secundárias de RNA, incluindo a classe de pseudoknots recursivos simples. O programa é executado em O (n ^ 4) tempo e o espaço (n ^ 2), portanto, sua aplicação aqui no BIBISERV é limitada a seqüências de comprimento de até 800 bases. Os parâmetros de energia para estruturas que contêm pseudoknots são os mesmos que na Molda real 3.1. A temperatura dobrável é fixada a 37C. Atualmente, existem três modos diferentes disponíveis: pknotsrg-mfe: calcula a estrutura de S (knotted ou não) de energia livre mínima. PKNOTSRG-ENF: Aplica um pseudoknot: oferece a estrutura completa energeticamente melhor de S que inclui pelo menos um pseudoknot em algum lugar. pkknotsrg-loc: entrega o melhor pseudoknot local que pode ser elemento de qualquer estrutura de S, onde "melhor" é definido por energia livre por nucleotídeo. O resto dos restos se desdobrou Obtenha pknotsrg e leve para um giro para ver o que pode fazer por você!

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