mmass. Vários módulos e ferramentas para manuseio de seqüência de proteína e interpretação de espectro de massa
Baixe Agora

mmass. Classificação e resumo

mmass. Tag

análise viewer. análise de dados Interpretação de imagem. interpretação Interpretação astrológica sequência de proteínas sequência de consenso de proteína espectrométrico de massa visualizador de espectro espectrométrico Analise a sequência de proteína. Gerar logotipo da sequência de proteína Criador de logotipo de sequência de proteína Ver o logotipo da sequência de proteína comparar sequência proteica ver sequência de proteínas Visualização da sequência de proteína. Baixe a sequência de proteína. Downloader de seqüência de proteína. Agarre a sequência de proteína. Alinhe a sequência de proteína. Alinhamento de seqüência de proteína. Visualizador de espectro de massa

mmass. Descrição

O programa MMASS apresenta um pacote de várias plataformas de código aberto de ferramentas simples para análise de dados espectrométrica de massa. O aplicativo MMASS consiste em vários módulos e ferramentas para manuseio de seqüência de proteína e interpretação de espectro de massa com foco em tarefas proteômicas comuns. Principais características: Suporte a vários formatos: mmass suporta vários formatos de espectrometria de massa, como MZData e MZXML. Os dados de espectros de massa ou listas de pico também podem ser importados facilmente de arquivos ASCII simples que consistem em duas colunas (valores m / z e valores de intensidade) separados por uma guia, espaço, vírgula ou ponto e vírgula. Além disso, há um suporte para dados nativos do Bruker Daltonic Flex Série Instrumentos. Um dos recursos populares do MMASS é a capacidade de abrir um documento em branco e criar listas de pico manualmente. Esse recurso é particularmente útil nesses casos em que a imagem do espectro ou a lista impressa de picos rotulados só está disponível. processamento de dados: Finalmente, há funções de processamento, como a coleta automática de pico, desossapoto, correção de base e suavização. calibração: Dois métodos estão disponíveis para recalibração de dados. A calibração interna é o método clássico de calibração, usando valores de referência internos. A extensa lista de valores de referência internas está disponível e os novos valores podem ser facilmente adicionados. A calibração estatística, às vezes chamada de auto-calibração, é um método especial disponível para espectros de massa peptídica. Para ambos os métodos, a montagem linear ou quadrática pode ser usada. Ferramentas de seqüência: MMass fornece um editor de seqüência interna, que pode ser usado para fazer qualquer sequência proteína ou peptídeo disponível para outros módulos. Qualquer modificação pode ser aplicada como fixa ou variável. A ferramenta de digest de proteína pode ser usada para gerar uma lista de peptídeos resultantes da digestão enzimática ou química do silico da sequência de proteína especificada. Da mesma forma, a ferramenta de fragmentação peptídica gera uma lista de fragmentos de peptídeos comuns. Em ambos os casos, todas as combinações possíveis de modificações variáveis são calculadas e resultam podem ser facilmente comparadas com dados medidos. Além disso, a sequência pode ser pesquisada por uma massa peptídica específica por ferramenta de busca de sequência para identificar clivagem não específica etc. Calculadora de massa: A ferramenta de calculadora de massa pode ser usada para simular o padrão isotópico de fórmula dada e o espectro de perfil gerado pode ser facilmente comparado com dados reais. Composto Pesquisa: Ferramenta de pesquisa composto pode ser usada para procurar qualquer composto especificado pelo usuário no espectro. Cada composto é especificado como fórmula molecular, portanto, a massa monoisotópica ou média pode ser busca com qualquer custo. Além disso, alguns aductos também podem ser pesquisados. Diferenças de pico: A interpretação dos espectros de massa tipicamente envolve uma verificação aparentemente interminável das diferenças entre todos os picos em um espectro. No entanto, a ferramenta de diferenças de pico é capaz de simplesmente gerar uma tabela de todas as diferenças entre os picos na lista de pico. Esta tabela pode então ser usada para comparar automaticamente, dentro de uma tolerância especificada, cada diferença com as respectivas massas de todos os aminoácidos, dipéptidos calculados ou valor de massa especificado. Mascot Search: Embora a espectrometria de massa seja uma ferramenta muito popular para a identificação de proteínas, não seria possível sem as ferramentas disponíveis publicamente on-line. MMass fornece uma interface que permite que os dados sejam enviados diretamente às três ferramentas principais disponíveis no site da Mascot; Impressão digital de massa peptídica, consulta de seqüência e pesquisa ms / ms.

mmass. Software Relacionado