Vplg. Computar e visualizar gráficos de proteína
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Vplg. Classificação e resumo

Vplg. Tag

gráfico proteína Visualizador de gráfico. Gráfico de proteína visualizador de gráfico

Vplg. Descrição

O VPLG, ou visualização de gráficos de ligando proteínas é uma ferramenta que usa um modelo baseado em gráfico para descrever a estrutura das proteínas no nível de estrutura super-secundária. Um gráfico de ligando proteína é calculado a partir das coordenadas atômicas em um arquivo PDB e as atribuições de estrutura secundária do algoritmo DSSP. Neste gráfico, os vértices representam elementos de estrutura secundária (SSES, e. Geralmente alpha alpinistas e folhas beta) ou moléculas de ligando, enquanto os contatos do modelo das bordas e as relações espaciais entre eles. O VPLG está escrito em Java usando a Biblioteca Apache Batik para a saída SVG e pode ser executada em várias plataformas. Principais características: lê dados átomos tridimensionais de arquivos PDB e atribuições de estrutura secundária de arquivos DSSP calcula um gráfico de ligando de proteína dos dados e visualiza o gráfico suporta a saída das imagens do gráfico em formatos de bitmap (.png) e vetor (.svg) exporta gráficos de proteína-ligando em um arquivo de texto simples em seu próprio formato (.plg) que é fácil de editar, analisar e gerar com um programa de computador pode ler e visualizar diretamente os gráficos de proteína de arquivos .plg

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