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Ucsf chimera. Classificação e resumo

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Ucsf chimera. Descrição

O UCSF Chimera foi especialmente projetado para ser um software altamente extensível que pode ser usado para visualização interativa e análise de estruturas moleculares e dados relacionados. Isso inclui mapas de densidade, conjuntos supramoleculares, alinhamentos de seqüência, resultados de ancoragem, trajetórias e conjuntos conformacionais. Imagens e animações de alta qualidade também podem ser geradas. O UCSF Chimera fornece várias utilidades, como gravador de cinema, animação, diagrama de estrutura e benchmark. Principais características: eixos e aviões: eixos, aviões e centróides podem ser calculados a partir de conjuntos de átomos usando a ferramenta Eixos / Planes / Centroids ou o comando definir. Os eixos podem ser mostrados como cilindros, aviões como discos e centróides como esferas, e qualquer um deles pode ser usado em medições de distância e ângulo. Por exemplo, a figura mostra o receptor D3 do Dopamine e inibidor encadernado (entrada PDB 3BBL) como modelado na membrana no banco de dados OPM. Os aviões das fronteiras da membrana interna e externa são mostrados como discos azuis e vermelhos transparentes, respectivamente. A fita de proteína é cor de arco-íris de azul no terminal N para vermelho no terminal C, e o eixo de cada hélice é mostrado como um cilindro de cor correspondente. O eixo da Hélice Vermelho forma um ângulo de 15,1 ° com a membrana e vem dentro de 3,5 Å do limite interno. As hélices amarelas e laranjas são quase antiparalis (ângulo de cruzamento 5.9 °). A distância média (mínima, máxima) dos átomos de inibidor do limite externo é 7,9 (5.1, 11,7) Å. Dados de volume: O visualizador de volume de Chimera exibe dados de microscópio de elétrons e luz tridimensionais, mapas de densidade de raios X, potencial eletrostático e outros dados volumétricos. Superfícies de contorno, malhas e estilos de exibição volumétricos são fornecidos e os limites podem ser alterados de forma interativa. Mapas podem ser coloridos, fatiados, segmentados e modificações podem ser salvos. Os marcadores podem ser colocados e estruturas podem ser rastreadas. A imagem de acompanhamento mostra um mapa de densidade do vírus da mosca do Kelp de microscopia eletrônica colorido radialmente e com um corte octeste. B-fator coloração: Uma estrutura pode ser colorida para mostrar valores de um atributo, como o atômico B-fator. A imagem inclui uma superfície molecular que foi cortada e tampada, etiquetas 2D e uma chave de cor. A zona de cor foi usada para colorir a seção transversal plana da superfície (ver Image How-to). Ramachandran Plot: Os ângulos de backbone de proteína podem ser mostrados em uma parcela de Ramachandran, juntamente com contornos de probabilidade (linhas verdes) de um conjunto de referência de estruturas bem determinadas. Cada resíduo de aminoácidos é mostrado como um ponto em um gráfico de vs. , mais comumente conhecido como um enredo Ramachandran ou mapa de Ramachandran. Os resíduos são mostrados como pontos azuis, ou quando selecionados, como pontos vermelhos. No exemplo, todos os resíduos de hélice foram selecionados. Por outro lado, clicando em um ponto no enredo selecionará o resíduo correspondente na estrutura. Quando o enredo tem foco do mouse, a posição do cursor (x = , y = ) é relatada sob o enredo. elipsoides térmicos: Os fatores B anisotropic podem ser mostrados como elipsoides, com eixos elipside e radii representando os efeitos de eigenvectors e autovalores da matriz de deslocamento médio atômico. Os fatores B anisotropic são lidos a partir do arquivo de coordenadas de entrada (por exemplo, dos registros de Anisou em um arquivo PDB) e podem ser exibidos com a ferramenta elipsoides térmicos ou o comando aniso. A figura mostra elipsoids dimensionadas para incluir 50% de probabilidade para o heme e átomos próximos da entrada PDB 1a6m. triagem encaixada moléculas: O dock do programa calcula possíveis orientações de ligação, dadas as estruturas de moléculas "ligando" e "receptor". Normalmente, um grande banco de dados de estruturas de moléculas pequenas é pesquisada por compostos que podem ligar o receptor. O ViewDock da extensão da quimera facilita a seleção interativa de compostos promissores da saída da doca. As moléculas podem ser vistas no contexto do local de ligação e, opcionalmente, exibidas pelo número de ligações de hidrogênio ao receptor. A extensão de preparação de dock prepara um receptor para entrada para um programa de ancoragem adicionando hidrogenses, atribuindo custos parciais e realizando outras tarefas relacionadas. anotações de Uniprot: PDB / UniProt Info Recupera Anotações de Sequência e Estrutura para entradas do Banco de Dados Proteína (PDB) usando um serviço da Web fornecido pelo PDB RCSB. As seqüências são exibidas no Visualizador de Multalign e apresentam anotações do Uniprot são mapeadas nas seqüências como regiões ou caixas coloridas. No navegador da região Colorir pela conservação: Uma estrutura pode ser colorida para mostrar valores de um atributo, como conservação de resíduos. A abertura de um alinhamento de seqüência em Chimera o exibe automaticamente no Visualizador Multalign e associa-o a quaisquer estruturas semelhantes (algumas incompatibilidades de resíduos são permitidas). Uma variedade de medidas de conservação pode ser calculada. A imagem foi criada usando o alinhamento de sementes PFAM carb_anhydrase PF00194_seed.slx e inclui uma chave de cor e rótulos 2D. Display de avião de volume: Os dados do volume podem ser mostrados um único plano (ou laje) por vez com o recurso de planos no Volume Viewer. A exibição plana pode ser definida para oscilar ao longo do eixo X, Y ou Z, ou o local do plano pode ser especificado interativamente com um controle deslizante. Rotamers: aminoácidos Sidechains adotam diferentes estados conformacionais, ou rotamers. Rotamers da biblioteca dependente do Dunbrack Backbone ou da biblioteca "penúltima" de Richardson, podem ser visualizadas, avaliadas e incorporadas em estruturas com a ferramenta Rotamers. Um resíduo pode ser alterado em uma conformação diferente do mesmo tipo de aminoácido ou mutação em um tipo diferente. Ângulos de torção de rotamer e valores de probabilidade de biblioteca são listados em uma caixa de diálogo, juntamente com (opcionalmente) ligações de hidrogênio, confrontos e concordância com dados de densidade eletrônica. Apenas rotamers escolhidos na lista são exibidos. Quando um único rotamer é escolhido, ele pode ser incorporado na estrutura. A imagem inclui etiquetas 2D. Análise orientada pelo usuário: Os usuários podem importar facilmente os dados relacionados à estrutura em quimera na forma de atributos, ou valores associados a átomos, resíduos ou modelos. Os dados podem ser importados com definir atributo e, em seguida, representados visualmente com faixas de cores, radii atômica ou espessura "verme". Tais dados também podem ser manipulados programaticamente em quimera e, de fato, a quimera foi projetada com extensibilidade e programabilidade em mente. É amplamente implementado em Python, com certas características codificadas em C ++ para eficiência. O Python é uma linguagem interpretada fácil de aprender com recursos orientados a objetos. Toda a funcionalidade de Chimera é acessível através do Python e os usuários podem implementar seus próprios algoritmos e extensões sem quaisquer alterações de código de quimera, portanto, todas essas extensões personalizadas continuarão a trabalhar entre os lançamentos de quimera. Muitos exemplos de programação são fornecidos para ajudar os escritores de extensão. Mapas de densidade morphing: Mapas de densidade relacionados podem ser comparados por morphing de um para o outro. Vários mapas intermediários são gerados pela interpolação entre os mapas iniciais e finais. O Morph pode ser visto interativamente e gravado como um filme. O nível de contorno pode ser ajustado automaticamente para manter a constante de volume incluída em todo o Morph, e outros aspectos da exibição do mapa podem ser ajustados com o Volume Viewer. Colorir por densidade: Uma superfície pode ser colorida por densidade ou outros dados de volume. Na imagem, a superfície é cortada e tampada, e apenas a tampa é colorida por densidade. Esquemas de coloração diferentes podem ser aplicados. Superimposição de estruturas: Existem várias maneiras de sobrepor estruturas em quimera: Matchmaker executa um ajuste depois de identificar automaticamente quais resíduos devem ser emparelhados. Emparelhamento usa a sequência e a estrutura secundária, permitindo que estruturas semelhantes sejam sobrepostas mesmo quando sua semelhança de seqüência é baixa a indetectável. A figura mostra cinco proteínas distantemente relacionadas (identidades de seqüência de pares

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