Trealatcher plus. uma ferramenta de captura de árvore filogenética
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Trealatcher plus. Classificação e resumo

Trealatcher plus. Tag

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Trealatcher plus. Descrição

Árvore, Plus foi desenvolvida para ser uma aplicação Java dirigida pela GUI que automatiza a geração de uma representação legível por máquina de árvores filogenéticas multifúrcicas contidas em imagens de pixel. Ele usa métodos de processamento de imagem para preparar a imagem e detectar a estrutura da árvore. O usuário supervisiona o processo de reconhecimento semi-automático e faz correções para a imagem e para a topologia, quando necessário. No final, o programa produz um código de árvore newick que representa a estrutura da árvore, opcionalmente, incluindo comprimentos de ramificação. Árvore Plus é uma versão estendida e re-conceituada do Árvore. É bem ajustado para apoiar a pesquisa sobre filogenias complexas e será útil se alguém quer combinar filogenias com base em uma coleção de árvores já publicadas que não estão disponíveis eletronicamente. Além disso, a Árvore Plus também é adequada para fins educacionais, pois permite que o usuário construa suas próprias árvores e modifique as topologias existentes. As figuras de árvores filogenéticas são amplamente utilizadas em publicações para ilustrar o resultado de uma análise evolutiva. No entanto, como se pode extrair sem esforço uma representação legível por máquina, isto é, uma expressão nova, da filogenia de tais imagens, essas não são adequadas para reanálise subsequente ou fácil compilação de topologias de árvores. Portanto, uma representação legível por computador de uma árvore publicada deve ser construída completamente à mão ou usando aplicativos especiais. Aqui, a ThereSnatcher Plus pode ser valiosa. Identifica a topologia de uma árvore (por exemplo, uma figura de uma publicação) com interação do usuário. O aplicativo apresenta uma interface gráfica sofisticada baseada na API de Swing Java. A nova versão, a ThereSnatcher Plus, foi desenvolvida a partir do zero e oferece uma interface gráfica estável, usa métodos aprimorados para processamento de imagens e para a análise da topologia da árvore. Em particular, não é mais necessário pré-processar uma imagem antes de alimentá-la em Treenatcher Plus. O novo aplicativo oferece todas as ferramentas de pré-processamento de imagens necessárias.

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