Stepp: Técnica SVM para avaliar peptídeos proteóticos Aplicativo para avaliar péptidos proteotípicos
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Stepp: Técnica SVM para avaliar peptídeos proteóticos Classificação e resumo

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Stepp: Técnica SVM para avaliar peptídeos proteóticos Descrição

Stepp é um utilitário avançado projetado para calcular uma pontuação representando como "proteotípico" um peptídeo é por LC-MS. O programa pode ler um arquivo de proteína, realizar uma digestão no silico e calcular a pontuação de observação para cada peptídeo tríptico ou parcialmente tritípico. Observe que as pontuações maiores (positivas) significam que um peptídeo é previsto para ser mais proteotípico enquanto os escores inferiores (negativos) significam que o péptido não é previsto para ser proteotípico. O modelo SVM usado pela Stepp é um espaço de descritor simples com base em 35 propriedades de conteúdo de aminoácidos, carga, hidrofilicidade e polaridade para a previsão quantitativa de péptidos proteotípicos. O modelo foi treinado e validado com três bancos de dados Amt derivados independentemente (Shewanella Oneidensis, Salmonella Typhimurium, Yersinia Pestis). O SVM resultou em uma medida média de precisão de 0,8 com um desvio padrão inferior a 0,025.

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