Snoopch Um visualizador de dados de hibridização genômica.
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Snoopch Classificação e resumo

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Snoopch Descrição

O Snoopch é um programa de desktop java, projetado para ajudá-lo a visualizar e explorar dados comparativos de hibridação genômica (CGH). O software permite ao usuário analisar interativamente vários conjuntos de dados simultaneamente. A entrada é baseada em um formato de guia, espaço ou vírgula, contendo séries de valores de intensidade de log correspondente a uma ou mais comparações ou amostras. Snoopch fornece gráficos de CGH com zoom ilimitado (em ambos os eixos) que podem ser explorados de forma interativa com o mouse. O uso de várias camadas, que podem ser empilhadas e combinadas, facilita a visualização dos dados. É possível aplicar várias camadas a uma parcela para filtrar os índices da CGH ou executar análises estatísticas em regiões de interesse. Os métodos de análise foram implementados e permitem a rápida visualização e dissecção de variações estruturais putativas (SVS). Em particular, os dados são suavizados usando um algoritmo baseado em Wavelets Haar, e ilhas de potenciais SVs são estimados usando o SW-array. Removemos outliers antes da estimativa para aumentar a robustez e estimar níveis de significância estatística e robustez de SVs putativos usando permutações. Essa quantificação de SVS putative leva a uma capacidade de classificar as regiões de interesse. Outros algoritmos de detecção de SV podem ser integrados no futuro. Uma característica poderosa da Snoopch é sua capacidade de interface com arquivos de anotação para download de navegadores genômicos, que incluem informações sobre nomes genéticos e recursos genômicos. O usuário tem uma representação visual das anotações ao pé do enredo e pode acessar facilmente informações textuais detalhadas clicando nelas ou pela pesquisa textual. Links diretos para os principais navegadores genômicos são incorporados.

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