Simlipid. Uma ferramenta abrangente de informática para caracterizar lipídios usando precursores e dados de íons de produtos de ...
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Simlipid. Classificação e resumo

Simlipid. Tag

Identificador Análise estrutural informática

Simlipid. Descrição

Simlipid, um software de identificação lipídica, analisa os dados Lipid MS, MS / MS e MSE para elucidação estrutural lipídica e correção de intensidades de pico experimental para sua sobreposição isotópica. O programa aceita dados experimentais MS, MS / MS e MSE (valores M / Z e intensidade) obtidos por espectrometria de massa no texto, MS Excel, MZData, MZXML e Waters Native Format (MSE). O software permite a identificação lipídica e perfis pesquisando precursores contra as estruturas lipídicas conhecidas disponíveis no banco de dados Simlipid. Informações adicionais como ID lipídico, abreviação lipídica, nome sistemático, composição e outros links de banco de dados também são disponibilizados para facilitar a referência. Tome Simlipid para um test drive para ver o que é tudo! Principais características: Banco de dados de estrutura lipídica robusta: O banco de dados Simlipid é um grande banco de dados relacional contendo 8 categorias lipídicas viz. Glicerofosfolipídios, esfingolipídios, acílios gordurosos, glicerolipídios, esteróis, prenoles, sacarolipídios e polycetides com 21905 espécies lipídicas. Outros links de banco de dados incluem Enciclopédia de Kyoto de genes e genomas (KEGG), banco de dados de metabolome humano (HMDB), entidades químicas de interesse biológico (CEBI), banco de dados de substâncias do Pubchem, lipidbank e lipidat. O banco de dados está sendo atualizado continuamente. Fragmentos teóricos de lipídios das categorias viz. Glicerofosfolipídios, glicerolipídios, prenol lipídios e sacarolipídios estão disponíveis junto com suas massas teóricas e estruturas de fragmentos correspondentes. Gerenciamento de projetos: Simlipid fornece um gerenciamento abrangente de projetos, associando os resultados da análise lipídica com perfis de entrada e parâmetros de pesquisa. Você pode criar qualquer número de projetos. Os projetos podem ser classificados com base em uma fonte, laboratório ou objetivo de pesquisa. MS Lipid Search: Simlipid permite o perfil lipídico buscando íon precursor lipídico em relação às estruturas lipídicas conhecidas disponíveis na base de dados Simlipid para esfingolipídios, acílios gordurosos, glicerolipídios, esteróis, prenolos, sacarolipídicos, polycetides e glicerofosfolipídios. Os usuários podem executar a MS Lipid Busca de dados de alta resolução com uma tolerância a erros menor ou igual a 20 ppm ou 2000 Millidalton (MDA). A Simlipid suporta , , , , íons no modo de íon positivo e , , , , e no modo de íon negativo. Simlipid oferece uma interface de usuário intuitiva para realizar essa análise de dados lipídicos com facilidade. elucidação estrutural lipídica usando dados MS / MS e MSE: Simlipid suporta elucidação estrutural de lipídios usando dados MS / MS e MSE para glicerofosfolipídios, glicerolipídios, lipídios de pré-rolos e sacarolipídeos. Os lipídios identificados são classificados com base em um algoritmo de classificação inovador que indica o grau relativo de proximidade dos lipídios teóricos com os dados experimentais. Dados de massa precisos de alta resolução com tolerância a erros entre 1-20 partes por milhão (ppm) e 0,1 a 2000 milidaltons (MDA) podem ser analisados. Estruturas bidimensionais dos lipídios identificadas também são exibidas. alta taxa de transferência isotópica pico correção de dados lipídicos: A correção de um perfil é uma das etapas obrigatórias para facilitar a quantificação precisa de lipídios de misturas biológicas. O SimLipid fornece um módulo de alta taxa de transferência para calcular as porcentagens de isótopo e corrigir as intensidades de pico experimental observadas para suas sobreposições isotópicas. Os valores de intensidade corrigidos podem ser exportados em formatos de arquivo .csv e .xls compatíveis com planilha. Anotação de espectros de massa com lipídios identificados Simlipid pode anotar espectros de massa com os lipídios identificados para MS, MS / MS, bem como dados do MSE. Isso ajuda a interpretar espectros de massa, destacando os valores de M / Z experimental que correspondam àquelas estruturas lipídicas teóricas do banco de dados do produto. Para uma melhor caracterização lipídica, cada pico correspondente pode ser anotado com o nome do fragmento lipídico ou a sua correspondente fórmula química lipídica. Os espectros de massa anotados podem ser adjudicados / reavaliados para caber em uma página ou com base na área de interesse. Um usuário pode ampliar / sair em um local de plotagem específico usando o cursor do mouse ou especificando a faixa m / z. Além disso, os usuários podem exportar os espectros anotados como imagens (em formatos PNG e JPEG) que podem ser incluídos no MS PowerPoint, facilitando o compartilhamento de informações entre grupos de pesquisa. Gerar relatório: O usuário pode gerar um relatório abrangente no arquivo .csv de formato compatível com planilha, arquivo .xls ou .html da análise de dados que foram executados para o notebook de laboratório, publicação ou compartilhamento de informações com colegas. Para cada módulo, uma interface intuitiva permite que um usuário personalize as informações que seriam incluídas no relatório. Isso pode incluir o M / Z, a massa delta no valor MDA, PPM ou DA, intensidade, modo de íon, abreviação lipídica, identificação lipídica e estrutura molecular do valor de intensidade lipídica e corrigida após o cálculo da porcentagem isotópica e / ou espectros de massa anotados. Base de dados pesquisa: Você também pode procurar uma estrutura lipídica de interesse por abreviação lipídica / nome comum, massa, composição química ou identificação lipídica.

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