A Semphy foi desenvolvida para ser uma ferramenta para a reconstrução filogenética intensiva de dados. A semifos infere filogenias pela máxima probabilidade, o critério mais estabelecido para encontrar a árvore filogenética correta. A Semphy procura tanto a topologia mais provável da árvore evolucionária e os períodos ótimos de seus ramos. Ele usa o paradigma algorítmico do estrutural em um novo método computacional para a inferência filogenética, tornando a computação eficaz e eficiente: a Semphy pode lidar com conjuntos de dados muito grandes com boa precisão e tempo de execução razoável. Vamos nos referir ao procedimento EM como o "passo de semifos". Todos os usos de Semshy são chamando a Semphy executável a partir de um prompt de comando com alguns parâmetros: Semshy
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