O aplicativo Scanalyze foi desenvolvido para ser um programa para a análise de imagens de microarray DNA. Opera em imagens fluorescentes de hibridizações fluorescentes únicas ou duas cores e produz uma tabela de resultados para análises subseqüentes. A Scanalyze fornece um ambiente gráfico interativo para executar esse processo - grade - e fornece ferramentas para simplificar e simplesmente automatizar esse processo. Após a retração, a Scanalyze extrai informações sobre cada local (intensidades de fluorescência, intensidades de fundo, rácios de flourescência e uma ampla variedade de parâmetros de controle de qualidade) e salva um arquivo de dados para uso nas análises subseqüentes.
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