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Sammato. Classificação e resumo
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Sammato. Descrição
Sammate é uma ferramenta acessível e fácil de usar especialmente projetada para arquivos SAM de processamento rápido para automatizar alguns de mais procedimentos padrão na análise de dados RNA-SEQ. Usando arquivos de anotação padrão ou personalizados, o Sammate permite que os usuários calculem com precisão a cobertura de leitura curta para quaisquer intervalos genômicos. Em particular, para os dados do RNA-SEQ, a sammato calcula com precisão os escores de abundância de expressão gênica para quaisquer intervalos genômicos personalizados, utilizando leituras curtas originárias de ambos os exons e junções exon-exon. O sammato também calcula rapidamente um mapa de sinal de genoma inteiro na resolução base-sábio, que é a entrada necessária para resolver uma matriz de problemas de bioinformática. Sammate exporta um arquivo wiggle para visualização de alinhamento no navegador do UCSC Genome e um relatório de estatísticas de alinhamento. Sammato é compatível com as tecnologias de sequenciamento de extremidade única e pareada. Principais características: Calculando a pontuação de abundância do recurso genômico usando dados de RNA-SEQ Gerando mapa de sinal para detecção de pico Gerando arquivos de wiggle para visualização gerando relatório de alinhamento Personalizar o arquivo de anotação genética Personalize o nome do cromossomo no arquivo de saída
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