Rate4Site. Um programa para detectar sites de aminoácidos conservados
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Classificação4Site foi desenvolvido para ser um programa para detectar sites de aminoácidos conservados, computando a taxa evolutiva relativa para cada site no alinhamento de seqüência múltipla (MSA). Visão geral: A taxa de evolução não é constante entre os locais aminoácidos: algumas posições evoluem lentamente e são comumente referidas como "conservadas", enquanto outras evoluem rapidamente e são referidas como "variável". As variações de taxa correspondem a diferentes níveis de seleção de purificação que atuam nesses sites. A seleção purificadora pode ser o resultado de restrições geométricas sobre o dobramento da proteína em sua estrutura 3D, restrições em locais aminoácidos envolvidos em atividade enzimática ou em ligação de ligando ou, alternativamente, em locais de aminoácidos que participam de interações de proteína . Classificação4Site Calcula a taxa evolutiva relativa em cada local usando um modelo evolutivo probabilístico. Isso permite levar em conta o processo estocástico subjacente à evolução da sequência dentro das famílias proteicas e na árvore filogenética das proteínas da família. A pontuação de conservação em um site corresponde à taxa evolutiva do site. Metodologia: A única entrada obrigatória para Classificar4Site é um arquivo MSA. O programa calcula uma árvore filogenética que é consistente com o MSA disponível (o usuário também pode inserir uma árvore pré-calculada). Em seguida, calcula a pontuação relativa de conservação para cada site no MSA. Isso é realizado usando um método empírico Bayesiano ou um método máximo de probabilidade (Pupko et al., 2002).

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