Protoólo Uma estrutura para simulações de dinâmica molecular.
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Protoólo Classificação e resumo

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Protoólo Descrição

O Protomol é um quadro de componente orientado a objetos, baseado em componente especialmente projetado para simulações moleculares de dinâmica (MD). A estrutura suporta os campos Force Charmm 19 e 28A2 e é capaz de processar arquivos de trajetória PDB, PSF, XYZ e DCD. Ele é projetado para alta flexibilidade, fácil extensão e manutenção e demandas de alto desempenho, incluindo paralelização. A técnica de vários intervalos de tempo é usada para melhorar a eficiência a longo prazo. O uso de algoritmos de avaliação de força eletrostática rápida, como Ewald, Mesh Ewald (PME) e somação multigrida (mg) aumenta ainda mais o desempenho. Passos de tempo mais longos são possíveis usando Molly, Langevin Molly e Híbrido Monte Carlo, Hoover e Langevin Integrators. Principais características: uma estrutura baseada em componente orientada a objetos para simulações de dinâmica molecular Projetado para alta flexibilidade, extensibilidade e manutenção fáceis, e demandas de alto desempenho paralelização incremental combinando ambiente seqüencial e paralelo Suporte de esquemas de integração de vários prazos genéricos forças genéricas e potenciais algoritmos de avaliação de força eletrostática rápida: Sumque Ewald, O (N3 / 2) partícula-mesh-ewald, O (n log n) Método multi-grade, O (n) Suporte de formatos comuns de E / S (pré e pós-processamento) 106 sistemas de partículas

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