Prorata.

Análise de proteômica espingarda quantitativa facilitada.
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Prorata. Classificação e resumo

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  • Chongle Pan
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Prorata. Descrição

O Prorata é um aplicativo simples projetado para automatizar o processamento e análise de dados para proteômica quantitativa de espingarda. Proteomics quantitativa de espingarda tenta estimar a abundância de proteínas nas células de tratamento em relação à sua abundância nas células de referência. Em tais experimentos, as células de referência são rotuladas com isótopos estáveis via rotulagem metabólica, rotulagem enzimática ou rotulagem química, e são misturadas com as células de tratamento em quantidades equivalentes. Após a proteólise, as amostras são analisadas com espectrometria de massa cromatograma líquida multidimensional-tandem. Os espectros de massa tandem adquiridos são usados para identificar a sequência de aminoácidos e modificações pós-translacionais de péptidos proteolíticos. Prorata leva os resultados de identificação peptídica e os dados espectrais de massa como entrada. Neste ponto, A Prorata só aceitará a saída do programa Dtaselect como resultado de identificação e os dados espectrais de massa no formato MZXML. A Prorata realizará todas as etapas para estimar as taxas de abundância de proteína e seus intervalos de confiança. Essas etapas incluem: extração de cromatogramas de íons selecionados, detecção de picos cromatográficos, estimação de rácios de abundância peptídica e estimativa de rácios de abundância de proteína. Os resultados de cada uma dessas etapas podem ser verificadas manualmente através da interface gráfica do PRORATA.


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