 | Ngstools.Ferramentas para análise de dados NGS |
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Ngstools. Classificação e resumo
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- Licença:
- Freeware
- Nome do editor:
- Bioinformatics Lab
- Sistemas operacionais:
- Windows All
- Tamanho do arquivo:
- 77 KB
Ngstools. Tag
Ngstools. Descrição
Ngstools é um pacote baseado em Java que visa fornecer um modelo de objeto para permitir diferentes tipos de análise de dados de sequenciamento de próxima geração. O pacote também oferece alguns programas de utilidade para processar lidos alinhados a diferentes genomas de referência. As ferramentas mais importantes neste pacote são o SNVQ, uma detecção de variantes nucleotídeos únicos precisos (SNV) e algoritmo de genotipagem de chamadas base e pontuações de qualidade e uma regra definida para mesclar alinhamentos de leitura para uma biblioteca de transcrições de CCDs com alinhamentos de referência conjunto. O formato de escolha para processar alinhamentos em todas as ferramentas neste pacote é Sam, que permite integrar ngstools com programas de mapeamento comumente usados como bowtie e outros pacotes de análise como SamTools.
Ngstools. Software Relacionado
