Ng-new. Um método de nei-gojobori modificado para computação de distâncias sinônimas e nonsynonymous
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Ng-new. Classificação e resumo

Ng-new. Tag

seqüência Sequência de DNA DNA. nucleótido Taxa de Nonsynonymous. encontrar distâncias patrísticos distância sinônima distância não-sinônima distância não nonynymous radical sinônimo Substituição Substituição nonsynonymous Método racional modificado sinônimo

Ng-new. Descrição

O aplicativo NG-NOVO foi desenvolvido uma pequena ferramenta de linha de comando para estimar distâncias sinônimas e não-sinônimas entre seqüências de DNA de codificação de proteína. O método é modificado do método original Nei e Gojobori (1986) para levar em conta o viés de transição. Para usar o programa, você precisa de um arquivo de entrada contendo as seqüências de DNA de codificação de proteína (consulte o rnase.seque por exemplo). Este arquivo começa com dois números: o número de seqüências e o número de nucleótidos por seqüência (comprimento da seqüência). A segunda linha será o nome da primeira seqüência, e a terceira linha será a primeira seqüência, e assim por diante. Apenas A, G, C, T, A, G, C e T são permitidos. As lacunas devem ser removidas e seqüências devem ser alinhadas de antemão. As seqüências devem incluir apenas regiões de codificação de proteína, com codões de parada removidos.

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