Navegador software de visualização de redes de interação proteína-proteína.
Baixe Agora

Navegador Classificação e resumo

Navegador Tag

analisador análise visualizar

Navegador Descrição

O Navigator é um aplicativo acessível e fácil de usar especialmente projetado para ajudá-lo a visualizar e analisar redes de interação de proteína-proteína. O Navigator pode consultar o OPHID / I2D - bancos de dados on-line de dados de interação - e exibir redes em 2D ou 3D. Para melhorar a escalabilidade e o desempenho, o Navigator combina Java com o OpenGL para fornecer um sistema de visualização 2D / 3D em várias plataformas de hardware. Esta ferramenta também fornece capacidades analíticas e suporta formatos de importação e exportação padrão, como Go e a Iniciativa de Padrões Proteomics (PSI). Principais características: O navegador combina um sistema de visualização implementado no OpenGL com uma interface gráfica do usuário e algoritmos analíticos implementados em Java. As redes podem ser carregadas de um arquivo (delimitadas por tabuletas, Navigator XML, Biopax ou PSI), ou podem ser geradas dinamicamente através da execução de uma consulta visual ao OPHID / I2D (Banco de Dados Interólogos de Interação - um banco de dados on-line de HTP, e previu interações proteínas de proteína para humanos, ratos, mouse, voar, verme e levedura) ou CPATH. O espaço de trabalho do navegador suporta vários painéis de rede que podem ser manipulados por nós, copiando e colando nós e bordas. As redes podem ser exportadas em formatos delimitados por Tab-delimitados, Navigator XML, PSI ou Pajek e vários formatos gráficos (BMP, JPG, TIFF, SVG, PDF). As redes podem ser visualizadas em 2D e 3D. Os nós podem ser posicionados usando uma mistura de layout automático dirigido por força e colocação manual. Um dos algoritmos de layout automáticos utilizados é um algoritmo de layout dirigido com força multi-nível chamado Grip (desenho de gráfico com colocação inteligente) . Por causa da complexidade de tempo quase linear de aderência, o Navigator pode visualizar interactões completos do I2D. Subnetworks que são altamente interconectados e nós que são hubs (isto é, que interagem com muitos outros nós), pode ser automaticamente identificado para ajudar a análise. Os grupos de nós podem ser desmoronados em nós compostos, manualmente, ou de uma forma automatizada. Subscunções de uma rede podem ser marcadas e manipuladas usando operações de conjunto padrão, como União, Intersecção e Diferença. A opacidade de nós e bordas pode ser ajustada para alterar o contraste de elementos na rede e enfatizar elementos selecionados.

Navegador Software Relacionado