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Musique Descrição

O musique é um aplicativo baseado em Java fácil de usar, projetado para oferecer uma ferramenta de bioinformática para prever os locais de fosforilação de proteína específica em geral e quinase. Principais características: Para abordar as várias limitações das ferramentas atuais ao se candidatar a proteomas e para melhor utilizar a grande magnitude dos sites de fosforilação experimentalmente verificados, desenvolvemos um sistema de aplicação autônomo único, projetado especificamente para previsão em larga escala de e locais de fosforilação específicos da quinase. Musite Utilizou padrões de similaridade de seqüência local (pontilhadas em Knn) e características genéricas (escores de desordem e freqüências de aminoácidos) de locais de fosforilação, e empregou uma abordagem abrangente de aprendizagem de máquina para fazer previsões. Confirmamos a descoberta anterior que os sites de fosforilação estão preferencialmente localizados em regiões desordenadas em dados fosfoproteomics em seis organismos. Musite é a primeira ferramenta que fornece utilidade para treinar um modelo de previsão de fosforilação-site dos próprios dados dos usuários e suporta ajuste contínuo dos níveis de ringência. Musite fornece uma interface de usuário gráfica de fácil utilização, o que facilita os biólogos realizar previsões de forma automatizada. As aplicações de musique em seis proteomas renderam dezenas de milhares de locais de fosforilação putativa com alta rigorosa. Essas previsões fornecem hipóteses úteis para validações experimentais. Os testes de validação de cruz mostram que o musique supera significativamente as ferramentas existentes para prever sites de fosforilação geral e é pelo menos comparável àquelas para prever sites de fosforilação específicos da quinase. Além disso, como um software de código aberto, o musique também pode ser servido como uma plataforma aberta para a construção de aprendizagem de máquina de construção para previsão de fosforilação.

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