Mesquite é modular, aplicação extensível para a biologia evolutiva, projetada para ajudar os biólogos a organizar e analisar dados comparativos sobre organismos. Sua ênfase é sobre análise filogenética, mas alguns dos seus módulos dizem respeito à genética populacional, enquanto outros fazem análise multivariada não filogenética. Mesquite também tem muitos recursos para gerenciar e processar dados, incluindo processamento de cromatogramas, alinhamento de seqüência, edição de dados morfométricos e outros.
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