Mcrate. Calcular taxa evolutiva relativa com a ajuda desta ferramenta.
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Mcrate. Classificação e resumo

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Mcrate. Descrição

O grau em que um local de aminoácido é livre para variar é fortemente dependente de sua importância estrutural e funcional. Um aminoácido que desempenha um papel essencial, como um dentro do local ativo da proteína, é improvável que muda sobre o tempo evolutivo. Assim, a taxa evolutiva em um local de aminoácidos é indicativa de quão conservado este site é, e por sua vez, permite avaliar a importância deste site na manutenção da estrutura ou função da proteína. Mcrate é uma ferramenta acessível e fácil de usar especialmente projetada para calcular a taxa evolucionária relativa em cada local usando um modelo evolutivo probabilístico. Isso permite levar em conta o processo estocástico subjacente à evolução da sequência dentro das famílias proteicas. Mais importante ainda, Mcrate usa metodologia Markov Chain Monte Carlo (MCMC) para integrar o espaço de todas as árvores possíveis. Assim, Mcrate não assume uma árvore filogenética pré-existente sob a qual as sequências se relacionam. Mcrate foi encontrado para ser superior sobre os métodos de Na? Ve que dependem apenas em uma única árvore.

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