Mcalign. Alinhamento de seqüências de DNA de não-formação baseada em modelos explícitos de evolução do Indel
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Mcalign. Classificação e resumo

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Alinhar de sequcias aLIGN Sequência de DNA Alinhamento de seqüência de DNA.

Mcalign. Descrição

O alinhamento confiável de DNA não codificador é difícil devido ao padrão desconhecido de eventos de inserção / exclusão (Índel). O número de diferenças de nucleotídeos (mostrados em vermelho) difere radicalmente entre os alinhamentos alternativos, mas sem outras informações, é impossível dizer que é mais plausível. McAlign aborda este problema alinhando seqüências usando um modelo explícito de evolução do Indel e encontra o alinhamento mais provável para um par de seqüências, ou três seqüências de relacionamento filogenético conhecido. O Modelo de Evolução do Indel tem dois parâmetros: (1) theta, os índigos de frequência em relação à frequência de substituição de nucleotídeos; (2) W, um vetor de frequências relativas de indis de comprimento diferente. Modelos para alguns táxons são fornecidos, ou um novo modelo pode ser configurado pelo usuário. O McAlign é um programa baseado em Monte Carlo que é capaz de alinhar duas ou três seqüências. Obtenha McAlign e experimente para avaliar totalmente suas capacidades!

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