MASSCHROQ software de quantificação de cromatograma de massa
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cromatograma Quantificação

MASSCHROQ Descrição

O MASSCHROQ é um instrumento especializado e versátil que realiza quantificações nos dados obtidos de técnicas de espectrometria de massa de cromatografia líquida (LC-MS). O MASSCHROQ também pode ser usado para realizar alinhamentos, extrações XIC e detecções de pico. Além disso, o MassChroq pode ser usado para: · Analisar dados obtidos de sistemas de espectrômetro de alta e baixa resolução; · Analisar livros de etiquetas, bem como dados rotulados isotópicos (por exemplo, Silac, ICAT, N-15, C-13, etc.); · Tempo - eficientemente processando uma grande quantidade de amostras analisadas diferentemente em um tiro (agrupando amostras semelhantes e oferecendo a possibilidade de parametrizar a análise de cada grupo). · Levar em conta tratamentos de dados complexos como peptídeo ou fracionamento de proteína antes da análise LC-MS (SCX, SDS-PAGE, etc.); Principais características: analisando os formatos de dados MZXML e MZML LC / MS. Quantificação de todos os péptidos identificados das amostras e / ou uma determinada lista de valores de cobrança de massa (m / z) e / ou uma determinada lista de pares de valores (m / z, tempo de retenção). Os péptidos identificados podem ser automaticamente integrados na análise do MassChroq usando nosso pipeline X! Tandem (que realiza identificação e exporta os resultados no formato MassCHROQML) ou via arquivos TSV (valores separados por TSV) contendo os resultados de identificação obtidos de outros softwares de identificação . Dois métodos de alinhamento estão disponíveis: O alinhamento de terceiros OBI-Warp baseado em dados do MS Nível 1 é integrado no MassChroq, e o alinhamento intermediário em MS2 baseado em Informações de Nível 2 do MS. A quantificação no MASSCHROQ é realizada em Xics (cromatogramas de íons extraídos): após extração e filtragem do XIC, os picos são detectados neles usando transformações morfológicas (consulte o manual do usuário para detalhes). Áreas de pico (isto é, valor de quantificação) e limites são então computados. A correspondência de pico é realizada (após o alinhamento, se houver) da seguinte forma: Um pico detectado é atribuído a um péptido identificado se e somente se o tempo de retenção (alinhado) deste péptido estiver localizado dentro dos limites do pico. A correspondência de pico no MASSCHROQ pode ser realizada em duas rodadas: um primeiro durante a quantificação, e uma vez concluída a quantificação, o usuário pode realizar uma segunda rodada de correspondência de pico de segundo, levando em conta os tempos de retenção dos picos correspondentes anteriormente. Vários filtros XIC estão disponíveis: Movendo os filtros medianos / médios para suavizar o sinal, o fundo e os filtros de remoção de ruído da linha de base, o filtro anti-spike para remover picos causados por alguns espectrômetros de alta resolução, filtros morfológicos, etc. O usuário pode exportar resultados nos formatos TSV, Gnumeric, XHTML e MassChroqml. Eles estão prontos para uso automático em software estatístico (como r) ou para exploração manual / visual. A avaliação do MASSCHROQ em dados complexos livres de etiquetas obtidos a partir de espectrômetros de massa baixa e de alta resolução permitiram a mensuração de CVs baixos para reprodutibilidade técnica (1,4%) e altos coeficientes de correlação à quantidade de proteína (0,98)

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