Loader de banco de dados WPDB. Analisar estrutura 3D de macromoléculas biológicas rápidas e fáceis.
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Loader de banco de dados WPDB. Classificação e resumo

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Loader de banco de dados WPDB. Descrição

O carregador de banco de dados WPDB é uma ferramenta acessível e fácil de usar especialmente projetada para ajudá-lo a interrogar a estrutura tridimensional de macromoléculas biológicas, conforme encontrado no banco de dados de proteína (PDB) usando ferramentas de consulta e exibir como aquelas mostradas acima. Principais características: científico: Encontre estruturas com base em pesquisas de texto e sequências (incompatibilidades permitidas). Alinhamento de seqüência de uma seqüência de registro contra várias seqüências alvo de acordo com o método de Needleman e Wunsch (JMB 48 (3): 443-453, 1970). Superposição da estrutura usando posições de Calpha de acordo com o método de Hendrickson (Acta Crysta35: 158-163, 1979. Atribuições de estrutura secundária de acordo com o método de Kabsch e Sander. Análise de perfil de aminoácidos, estática e dinâmica: estática de acordo com os valores compilados por Bogardt et al.; Exposição dinâmica, média de acordo com Lee e Richards (JMB 55: 379-400, 1971) e fatores experimentais BProfiles para uma única cadeia polipeptídica ou perfis de diferença para duas cadeias de polipéptido alinhadas. Contate o Análise de mapa em diferentes distâncias de corte e com diferentes grupos Atom em estruturas de contatórios ou estruturas sobrepostas (diferença de contato de contatos) podem ser examinadas. Visualização e renderização 3D típica, incluindo opções para exibir ou destacar subestruturas, representação de CPK, estéreo e superfícies simples (colorido com base na distância do usuário). Cálculo da geometria (comprimentos de títulos, ângulos de ligação, ângulos diédricos, fechamentos não ligados), incluindo representação gráfica e desvios de pequenas distâncias de moléculas. Computação: compressão de dados - cerca de uma redução de 20 vezes no armazenamento sobre a distribuição de arquivos ASCII PDB, mas com: (i) informações bibliográficas limitadas ao autor e registros do JRNL; (ii) Opcionalmente, o primeiro ou todos os membros de um conjunto de estruturas de RMN ou modelo incluídas; (iii) apenas a primeira conformação alternativa, conforme definido no arquivo PDB para partes de uma estrutura cristalina com ocupações parciais; (iv) coordenadas atômicas arredondadas para 2 e não 3 casas decimais; (v) sem registros de observação PDB. Objetos de exibição interoperáveis - quando um recurso é selecionado em um objeto de exibição (e.ga Mapa de contato), todos os outros objetos de exibição visíveis (e.g3-d visualizador) e os invocados subseqüentemente, também são atualizados para ilustrar esse recurso . Acesso direto a Raswin o popular programa de exibição molecular. Documentação impressa sincronizada e ajuda sensível ao contexto criada usando o pacote docohelp.

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