Jvirgel.

Um software para a simulação e análise de dados proteômicos
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Jvirgel. Classificação e resumo

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  • Karsten Hiller
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Jvirgel. Descrição

O Jvirgel é um aplicativo poderoso destinado a determinar os pontos isoelétricos teóricos (PI) e os pesos moleculares calculados (MW) de proteínas. Também permite visualizar isso como um mapa de proteína bidimensional virtual (2D). O usuário é capaz de controlar a apresentação do gel 2D calculado interativamente, selecionando uma faixa PI / MW e uma escala de tempo eletroforética de interesse. Principais características: Importação de sequências de aminoácidos de Fasta- Arquivo ou do banco de dados Prodoric via XML Previsão e visualização de secretomes Previsão e visualização de proteomas de membrana tradução do índice de adaptação do códon (CAI) em tamanho do ponto de proteína Exclusão de proteínas de membrana da visualização Contabilização de peptídeos de sinal e em clivagem silico que resulta em maior precisão de previsão do PI e MW Exportação de géis virtuais para gráficos PNG ou JPG Correspondência de um gel experimental com um gel virtual usando algoritmos de regressão diferentes Zooms em um intervalo de pH / MW selecionável pelo usuário As proteínas podem ser classificadas em grupos e todos os dados podem ser exportados em tabelas CSV ou planilhas de MS-Excel As proteínas podem ser coloridas de acordo com seu conteúdo de hélices transmembranares ou sua probabilidade de serem secretados


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