Idegramaser. Uma ferramenta Java para visualização de aberrações genômicas usando Affymetrix SNP Arrays
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Idegramaser. Classificação e resumo

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Idegramaser. Descrição

O Idegrama pode ser usado para comparar facilmente um conjunto de arquivos de saída da ferramenta de análise de número de cópia do cromossomo Affymetrix. A perda de marcadores de heterozigosidade (LOH) ou perda / ganho é plotada contra sua correspondente região cromossômica em uma representação cariotípica em conjunto com genes. Recursos: * Plotagem de marcadores SNP em um caryogram (sempre novo gerado da tabela ideograma do banco de dados do NCBI MapView Build 36.2). Veja o Apêndice A para alterar o banco de dados padrão. * Os tamanhos de matriz SNP de 10k, 50k, 100K e 500k podem ser importados da ferramenta Affymetrix Copy Number Number (CNAT 3 e CNAT 4) diretamente no formato de arquivo CNT (versão 1.0 e 1.1). * Um formato de arquivo de texto delimitado de tabulação geral pode ser importado para importar dados estrangeiros (por exemplo, gerado por um aplicativo de planilha, como o Microsoft Excel). Assim, o software não está limitado a Affymetrix SNP Arrays e a ferramenta Affymetrix Copy Number Number (CNAT 3 e 4). A análise SNP pode ser combinada, e. com dados de cgh da matriz. O novo formato CNAT 4 divide os marcadores LOH em um segundo arquivo. Se os arquivos tiverem o mesmo prefixo, os arquivos LOH serão carregados automaticamente ao abrir um arquivo Copy Number (CN). * Plotagem de marcadores genéticos de uma cópia local do banco de dados NCBI MapView (Build 36.2) * Processamento em lote / múltipla importação de arquivos. Mesclando de arquivos divididos. * Limiar de log2ratios, LOH (perda de heterozigosidade), SPA (número de cópia de análise de ponto único), e valores de cópia do GSA (genoma suavizado) para a geração de marcadores (este último só está disponível para chips com mais de 10k SNPs). * Redução de ruído via funcionalidade de filtragem * Representação da região de Conensus. * Links para http://www.genecards.org * Exportar para o formato JPG, SVG e PDF. * Funcionalidade de impressão (a impressão pode não funcionar em Linux em combinação com copos - este é um problema java 1.5 / xícaras: exportar os diagramas como PDF e imprimir e. Com o Acrobat Reader) * Etc.

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