IQPnni. Impiscante de quarteto importante e operação NNI
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IQPnni. Classificação e resumo

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IQPnni. Descrição

O nome IQPnni representa importante enigmas de quarteto e operação de NNI. Um método de reconstrução de árvore eficiente (IQPNNI) é introduzido para reconstruir uma árvore filogenética baseada em dados de sequência de DNA ou aminoácidos. Nossa abordagem combina vários algoritmos rápidos para gerar uma lista de potenciais árvores candidatas. O ingrediente chave é a definição dos chamados quartetos importantes (QIs), que permitem o cálculo de uma árvore intermediária no tempo de O (n ^ 2) para as sequências N. A árvore resultante é então mais otimizada aplicando a operação de intercâmbio vizinho mais próximo (NNI). Subsequentemente, uma fração aleatória das seqüências é eliminada da melhor árvore encontrada até agora. As seqüências excluídas são então redirecidas na árvore menor usando o algoritmo importante de Quartet Quartet (IQP). Estas etapas são repetidas várias vezes e a melhor árvore, com relação ao critério de probabilidade, é considerada a árvore filogenética inferida. Além disso, sugerimos uma regra, que indica quando parar a busca. Principais características: Estimativas de parâmetros modelo falham em casos raros para o modelo rico em parâmetros invar + taxa de gama heterogeneidade problema de compatibilidade com GCC 4.3.2 BionJ Tree agora é reconstruído duas vezes das distâncias iniciais e as distâncias máximas corrigidas

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