| Gene do ANC. Inferência de seqüências de genes ancestrais pelo método Bayesiano baseado em distância |
Baixe Agora |
Gene do ANC. Classificação e resumo
- Nome do editor:
- Jianzhi Zhang
- Sistemas operacionais:
- Windows All
- Tamanho do arquivo:
- 80 KB
Gene do ANC. Tag
Gene do ANC. Descrição
O aplicativo ANC-Gene foi desenvolvido para ser uma pequena ferramenta de linha de comando para a inferência de seqüências de nucleotídeos ancestrais de genes de codificação de proteína de um conjunto de seqüências de dia cujas relações filogenéticas são conhecidas. O programa primeiro infere os aminoácidos pelo método bayesiano baseado em distância e depois infere as sequências nucleotídicas subjacentes fixando os aminoácidos inferidos. Para usar o programa, você precisa de um arquivo de entrada contendo as seqüências de DNA e a topologia da árvore dessas seqüências (consulte o rnase.seque por exemplo). Este arquivo começa com dois números: o número de seqüências e o número de nucleótidos por seqüência (comprimento da sequência). A segunda linha será o nome da primeira seqüência, e a terceira linha será a primeira seqüência, e assim por diante. Apenas A, T, C, G, A, C e G são permitidos nas sequências. As seqüências devem ser alinhadas e lacunas ou quaisquer outros símbolos serem removidos. A última linha do arquivo é a topologia da árvore das seqüências. O formato da árvore é o mesmo que usado no pacote de Phylip (Felsenstein 1995). Note que a árvore é desrotada, então a tração em vez de biperação é necessária para o nó ramificado mais profundo.
Gene do ANC. Software Relacionado