Filonete. Analise Reticulate Relacionamentos Evolucionários com este aplicativo.
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Filonete. Classificação e resumo

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Filonete. Descrição

A Filonet é uma ferramenta acessível e fácil de usar especialmente projetada para oferecer aos usuários um conjunto de ferramentas para reconstruir e analisar relacionamentos evolutivos reticulados (não-theelike). Em particular, o pacote de software inclui recursos para infringir a transferência de genes horizontais de um par de espécies / árvores genéticas, e detectar pontos de interrupção interspecíficos de recombinação em um alinhamento de seqüência. Além disso, tem as capacidades para a leitura / armazenamento de redes filogenéticas e comparar as topologias de redes filogenéticas. Como os algoritmos para reconstrução e avaliação da rede filogenética fazem uso de técnicas algorítmicas do domínio de árvores filogenéticas, o pacote também contém vários recursos orientados para a árvore, como módulos para calcular as subárvores de acordo máximo, as medidas de distância de Robinson-Foulds, etc. Principais características: mastro - subárvore de acordo máximo RF - Robinson-Foulds / Symmetric Difference Difference Medida Riatahgt - uma heurística para detectar eventos HGT de um par de espécies / árvores genéticas LCA - antepassado menos comum de um conjunto de nós em uma árvore Recomp - um método baseado em janelas para detectar pontos de interrupção interspecíficos Charnet - uma ferramenta para computação clusters, árvores e tripartições em uma rede CMPnets - uma ferramenta para calcular a distância entre duas redes NetPars - uma ferramenta para marcar a parsimônia de redes filogenéticas CountCoal - uma ferramenta para enumerar todos os cenários coalescentes válidos de um gene dentro dos ramos de uma árvore de espécies gencplex - uma ferramenta para gerar uma formulação milp que pode ser resolvida pelo CPLEX para uma espécie de árvores e um conjunto de árvores genéticas Genst - Uma ferramenta para gerar topoloties de árvores de espécies baseadas em conjuntos máximos de clusters compatíveis. compute_st (esta ferramenta é um script perl) - para reconstruir a árvore de espécies de árvores genéticas sob o coalescente. Infer_st - para inferir a árvore de espécies de árvores genais. Os métodos contidos incluem MDC, MDC com tempo, vidro, consenso de maioria extendido e voto democrático. Deep_coal__conta - por contar o número de linhagens extras contribuídas por um conjunto de árvores genéticas e árvores de espécies sim_gtinnetwork - para simular árvores genéticas sob o modelo de rede filogenética no Yu et al. Papel Syst Biol 2010

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