FPG. simula uma população de tamanho constante
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FPG. Classificação e resumo

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FPG. Descrição

O nome FPG representa a simulação genética da população para a frente. O FPG simula uma população de tamanho constante que está passando por vários processos evolutivos, incluindo: mutação, recombinação, seleção natural e migração. O significado de "encaminhar" neste contexto é simplesmente esse tempo, dentro da simulação, avança assim como no mundo real. Isso está em contraste com a simulação genética da população coalescente em que, como representada dentro da simulação, continua de volta para o passado. As simulações coalescentes têm muitas vantagens, mas são insuficientemente se incorporam a seleção natural em vários sites. O FPG é útil para avaliar o impacto da seleção natural em padrões de variação genética. Ele é projetado de modo a ser capaz de aproximar situações do mundo real com tamanhos populacionais bastante grandes e altas taxas de mutação durante longos períodos de DNA. O modelo de mutação é um modelo de sites infinitos, o que significa que nenhum site que é segregando na população pode receber outra mutação. A simulação acomoda mutações neutra, benéficas e deletérios em vários modelos de fitness diferentes, incluindo modelos de aptidão aditivos, multiplicativos e epistáticos. O programa gera uma ampla variedade de análises, incluindo níveis de polimorfismo, heterozigosidade (observada e esperada), taxas de fixação e desequilíbrio de ligação - todos conduzidos para cada uma das várias categorias de mutação. Quando a migração invocada, várias análises em relação à estrutura da população são realizadas. O ciclo de vida básico alterna entre genomas haplóide (gametas) e genomas diplóides (zigotos) e prossegue da seguinte forma: - Gametes são aleatoriamente emparelhados em zigotos - A aptidão é medida para cada zigoto como uma função das mutações que ela carrega. Se o domínio é definido para 0,5, o modelo é semelhante na maioria dos aspectos a um modelo de seleção Haplóide. - O sucesso reprodutivo é o número de gametas contribuiu para a próxima geração e é determinado para cada zigoto, desenhando de uma distribuição multinomial com expectativas que são os valores de aptidão relativos de cada classe de fitness. - Recombinação e mutação ocorrem durante a produção de gametas - Se houver várias populações, os gametas são desenhados aleatoriamente de cada população e colocados aleatoriamente em outras populações. Esses gametas que são deslocados por migrantes são perdidos, então a migração adiciona um elemento extra de deriva genética. Este é um modelo de migração da ilha - Novos zigotos são formados por união aleatória de gametas. Gerações são não sobrepostas.

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