FASTA.

uma aplicação de comparação de proteína ou nucleótido
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FASTA. Classificação e resumo

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FASTA. Descrição

FASTA é uma suíte de aplicação abrangente que pode ser usada para proteína rápida ou comparação de nucleótidos. Este programa atinge um alto nível de sensibilidade para busca de similaridade em alta velocidade. Isso é conseguido executando pesquisas otimizadas para alinhamentos locais usando uma matriz de substituição. A alta velocidade deste programa é obtida usando o padrão observado de revistas de palavras para identificar correspondências em potencial antes de tentar mais tempo consumindo pesquisa otimizada. O trade-off entre velocidade e sensibilidade é controlado pelo parâmetro KTUP, que especifica o tamanho da palavra. Aumentar o KTUP diminui o número de hits de fundo. Nem toda palavra de sucesso é investigada, mas inicialmente procura que o segmento contenha vários hits próximos.


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