Dtscore. um algoritmo de reconstrução de árvore de duplicação tandem baseado na distância
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Dtscore. Classificação e resumo

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Dtscore. Descrição

O aplicativo DTScore foi desenvolvido para ser um algoritmo de reconstrução de árvores de duplicação tandem baseado na distância. É baseado em um simples modelo de duplicação de tandem, que assume recombinação desigual (crossover) como o único mecanismo de duplicação. Tudo o que é preciso como entrada é uma matriz de distância entre as cópias. Nesta matriz, as linhas e colunas precisam ser encomendadas da mesma forma que as cópias são ordenadas no locus. O DTScore pode ser aplicado a conjuntos de dados relativamente grandes (mais de cem cópias). As distâncias podem ser calculadas usando programas como Dnadist (sequências nucleotídicas) ou protdistas (sequências proteicas) do pacote de Phylip. As taxas heterogêneas de substituição entre os locais podem ser tratadas usando o método gama, por exemplo.

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