Copasi. Análise de redes bioquímicas e simulação facilitada.
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Copasi. Classificação e resumo

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Copasi. Descrição

O Copasi é uma ferramenta confiável projetada para ajudá-lo a analisar redes bioquímicas e sua dinâmica. Ele apresentam uma GUI fácil de usar, que permite configurar as redes, adicionar tarefas e gerar relatórios. Esta ferramenta vem como um programa independente que suporta modelos no padrão SBML e pode simular seu comportamento usando Odes ou Algoritmo de Simulação Estocástica de Gillespie; Eventos discretos arbitrários podem ser incluídos em tais simulações. O Copasi realiza várias análises da rede e sua dinâmica e possui suporte extensivo para estimativa e otimização de parâmetros. O Copasi fornece meios para visualizar dados em parcelas personalizáveis, histogramas e animações de diagramas de rede Principais características: Modelo: Reação Química Reação. funções cinéticas arbitrárias. Odedes para compartimentos, espécies e quantidades globais. atribuições para compartimentos, espécies e quantidades globais. atribuições iniciais para compartimentos, espécies e quantidades globais. Importação SBML (L1V1 + 2, L2V1-4) e Export (L1V2, L2V1-4). Análise: simulação de curso de tempo estocástico e determinístico Análise estável do estado (incluindo estabilidade). Análise de controle metabólico / análise de sensibilidade. Análise do modo elementar. análise de conservação de massa. análise de separação de escala de tempo cálculo de expoentes de Lyapunov. Scans de parâmetros. otimização de funções objetivas arbitrárias. Estimativa de parâmetros usando dados do curso de tempo e / ou experimentos de estado estacionário simultaneamente. Interface gráfica do usuário (Copasiui) Sliders para alterações de parâmetros interativos. tabelas codificadas por cores gráficos de barra 3D parcelas e histogramas. Visualização do diagrama de rede de resultados. linha de comando (copaseise) para processamento em lote. Versões para MS Windows, Linux, Mac OS X e Solaris SPARC. Carregamento de arquivos GEPASI legados. Exportar para Berkeley Madonna, XPPpaut e C código fonte do sistema ODE gerado a partir do modelo. Economia de fórmulas matemáticas e Odexs em Mathml ou látex

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