 | Circonspectferramenta para criar espectros de contig |
| Baixe Agora | |
Circonspect Classificação e resumo
Propaganda
- Licença:
- GPL
- Nome do editor:
- Florent Angly
- Sistemas operacionais:
- Windows All
- Tamanho do arquivo:
- 67 KB
Circonspect Tag
Circonspect Descrição
Circonspect, também conhecido como, controle em pesquisa sobre espectros de contig) foi criado para gerar espectros de contig que é baseado na montagem de subconjuntos aleatórios de metagenomas. Os espectros da Contig podem então ser modelados a jusante para obter estimativas de diversidade (por exemplo, com Phaccs). Diferente tipo de espectro de contig pode ser criado: o espectro de contig padrão para a alfa-diversidade, o espectro de contig misto, para a diversidade gama e o espectro cruzado, para a diversidade beta. Construir um espectro cruzado requer a construção de um espectro de contig misto, que requer a construção de espectros normais de contig com base em vários metagenomas selecionados (arquivos FASTA). Circonspect usa um banco de dados de seqüência indexado para armazenar dados temporários. Qualquer programa de montagem que suporte um comprimento mínimo de sobreposição e semelhança seja adaptado; Neste momento, Minimo, Montador de Tigas, Montador LigR, Cap3 e Newnbler são suportados. Quando várias repetições são feitas (bootstrapping), o espectro médio de Contig é calculado. O usuário pode controlar o tamanho das sequências, aparando-os a um determinado comprimento e removendo sequências menores que um limite.
Circonspect Software Relacionado
