 | Bissnp.BISULFITE-SEQ / Nome-SEQ SNPS e chamador de metilação citosina |
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Bissnp. Classificação e resumo
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Bissnp. Tag
Bissnp. Descrição
O BissNP foi especialmente desenvolvido como uma ferramenta útil baseada no kit de ferramentas de análise do genoma. A Bissnp faz uso da inferência Bayesiana com probabilidades de metilação especificadas manualmente ou automaticamente estimadas de diferentes contextos de citosina para determinar genótipos e níveis de metilação simultaneamente. O software pode funcionar para leituras de extremidade única e pareadas. O BissNP é desenvolvido na linguagem de programação Java. Principais características: chamada e resumir a metilação de qualquer contexto de citosina fornecido (CPG, CHH, CHG, GCH ET.AL.); Detecção de variante precisa. Ativar recalibração de qualidade de base e indel chamando em sequenciamento de bissulfite; Permitir vários formatos de saída, arquivos VCF detalhados, CPG HaPlotype lê o arquivo para análise mono-alélica da metilação; Bedgraph simplificado, peruca e formato de cama para visualização no navegador Genome UCSC e IGV Browser.
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