Bioimagexd. Este é um software gratuito e aberto para análise e visualização de imagens biomédicas multidimensionais
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Bioimagexd. Classificação e resumo

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Bioimagexd. Descrição

O bioimagexd é um pacote de software para processamento, analisar e visualizar dados de imagem multidimensional. Como o nome indica, o software é destinado principalmente para dados biológicos, por exemplo, imagens de microscopia confocal de células vivas, mas é totalmente adequado para trabalhar com qualquer tipo de dados multidimensionais de imagem. O BioImagexD possui uma simples interface de usuário intuitiva com base em uma única janela grande, e suas operações foram projetadas para serem consistentes e funcionais. O bioimagexd oferecerá funções avançadas de entrada / saída de arquivos e vários modos de visualização (variando da simples visão de fatia 2D à avançada renderização em 3D). Estes podem ser livremente combinados com qualquer um dos numerosos modos de tarefas (incluindo mesclagem de canal, análise de colocalização, correção de intensidade e vários filtros para remover ruído, segmentação, rastreamento, medições etc.). O Instruct in Animater permite que você crie movimentos impressionantes, pois tem controle total de mudanças de tempo de câmera de câmera e visualização de ângulos. Principais características: Visualização de imagem: Abra os dados em formatos de microscopia comum (ou imagens ou pilhas de imagens e séries temporais) e visualize a imagem de dados por imagem. Processamento de imagem: Ajuste a cor / brilho / contraste / gama, altere a cor ou a paleta de um conjunto de dados / canal, filtrar o ruído, correto para o branqueamento de fluorescência em dados da série temporal. Renderização de volume 3D: conjuntos de dados 3D podem ser volume interativamente renderizado Filme Fazendo: Use o módulo animador para configurar um caminho de câmera em torno de seus dados 3D e fazer um filme de girar e voar embora zoom de maneira alguma. Os dados da série temporal são suportados: "Dados 4D". análise de colocalização: Sabemos todos que os biólogos de células que usam microscopia confocal estão sempre à procura de colocalização! Nossa ferramenta de colocalização permite que você analise a colocalização da intensidade do sinal em um conjunto de dados 3D multi canais, evitando o problema de falsa colocalização visto em imagens de projeção de pilha Z e execute algumas análises estatísticas que lhe dão números duros sobre a quantidade e a qualidade dos colocalização em seus dados. Usa algoritmos similares para aqueles em imagej, por exemplo, o plug-in WCIF para limiares automáticos de colocalização, usando o método de custo et al. AFM Image Viewing: Microscopia de força atômica e técnicas de imagem relacionadas tornam imagens que possam ser processadas como superfícies 3D. Nós também podemos adicionar alguns filtros de imagem úteis e semelhantes. Talvez tenha algum tipo de forma AFM - PDB ou Estrutura de Cryoem / Ferramenta de montagem de modelo. Comaprison de imagens de altura da superfície celular com conjuntos de dados 3D confocais. multiprocessador, computação paralela, clusters e supercomputadores: Como parte do projeto FINHPC, planejamos permitir que o BioImagexD execute o processamento de imagem e outras funções em paralelo e com o código vetorial específico da CPU (Altivec / Velocity Engine no G4 e G5, e MMX SSE SSE2 SSE3 no ix86), na área de trabalho Computadores, clusters, estações de trabalho, servidores e super computadores com grande memória compartilhada

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