Bameve. Análise Bayesiana em Biologia Molecular e Evolução
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Bameve. Classificação e resumo

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Bameve. Descrição

O nome Bameda significa análise bayesiana em biologia molecular e evolução. Bameve foi desenvolvido para ser um pacote de software livre para a análise bayesiana de filogenias. O pacote inclui programas para analisar dados de sequência de DNA ou RNA alinhados e permite conjuntos de dados com lacunas ou sites indeterminados. O programa principal usa uma variedade de algoritmos de metrópole-Hastings para amostra da distribuição posterior comum de árvores filogenéticas e parâmetros do modelo de probabilidade. Outros programas na ajuda de distribuição na análise das árvores amostradas e valores de parâmetros. Nota: Todos recebem permissão para copiar e usar este pacote de software e a documentação de acompanhamento para uso acadêmico pessoal Principais características: uma escolha de modelos de probabilidade. HKY85 (Hasegawa-Kishino-Yano, 1985) F84 (conforme implementado no Felsenstein's Phylip) TN93 (Tamura-Nei, 1993) Uma escolha de amostras de Metropolis-Hastings para propor novas árvores filogenéticas (incluindo uma nova versão de distribuição beta escalada do local). amostras de Metropolis-Hastings para propor novos parâmetros do modelo. a escolha de amostradores separados para queimadura e inferência. Especificação flexível das categorias do site com valores de parâmetros separados para cada categoria de site. Uma escolha para inicializar a pesquisa em uma árvore aleatória, a árvore de Upgma, a árvore de junção de vizinhos ou uma árvore definida pelo usuário. Dois formatos (Bamete e Newick) para ler e escrever árvores. arquivos de ajuda html. Monitoramento de tempo real gráfico dos parâmetros da árvore e do modelo.

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