Análise de sinalização e visualização Um software para calcular o agrupamento, o diâmetro, a distribuição de conectividade e a detecção e visualização de motivos de rede
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Análise de sinalização e visualização Descrição

O processo de descoberta de vias de transdução de sinal celular atingiu um estágio em que as vias são combinadas para formar grandes redes de interações. Visualizar interações proteína-proteína e ligando-proteína como gráficos (redes), onde bio-moléculas são representadas como vértices (nós) e as interações são representadas como bordas (links) é um método útil para consolidar e organizar evidências experimentais de múltiplas fontes para obter o sistema A compreensão de como as vias controlam os fenótipos celulares. O surgimento de conjuntos de dados de redes de grande escala feitos de componentes e interações celulares fornece a oportunidade de análise topológica estatística e o desafio da visualização de rede. Os métodos de teoria do gráfico aplicados a sistemas complexos em outros campos também são aplicados para analisar redes celulares bio-moleculares. A SAVI é um programa de desktop que implementa métodos padrão para calcular o agrupamento, o diâmetro, a distribuição de conectividade e a detecção e visualização de motivos de rede. Além disso, a SAVI gera um site completo de conjuntos de dados de rede no formato de texto. Savi contém uma ferramenta chamada PathwayGenerator. Esta ferramenta cria mapas de conexão de sinalização como páginas da Web de grandes conjuntos de dados de interações. Savi também pode gerar uma rede de interações quando dada uma lista de nomes de genes humanos.

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