4Sale. Uma ferramenta para seqüência de RNA síncrona e alinhamento e edição de estrutura secundária
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4Sale. Classificação e resumo

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4Sale. Descrição

Em análise de seqüência, o múltiplo alinhamento constrói o fundamento de todas as análises de processos. Erros em um alinhamento poderiam influenciar fortemente todas as análises seguintes e, portanto, poderiam levar a previsões erradas. Os alinhamentos artesanais e melhorados à mão são necessários e enquanto isso boa prática comum. Para sequências de RNA, muitas vezes a sequência principal, bem como um consenso de estrutura secundária, é bem conhecido, por exemplo, a estrutura de trevo do T-RNA. Recentemente, alguns editores de alinhamento são propostos que são capazes de incluir e modelar os dois tipos de informações. No entanto, com o advento de uma grande quantidade de seqüências de RNA confiáveis, juntamente com suas estruturas secundárias resolvidas (disponíveis de por exemplo, a base de dados do ITS2), enfrentamos o problema para lidar com sequências e suas estruturas secundárias associadas de forma síncrona. 4Sale preenche esta lacuna. O aplicativo foi desenvolvido para permitir uma sequência rápida e alinhamento de estrutura secundária síncrona para grandes conjuntos de dados e para a primeira edição manual síncrona pela primeira vez de sequências alinhadas e suas estruturas secundárias. Este estudo descreve um algoritmo para o alinhamento síncrono de sequências e suas estruturas secundárias associadas, bem como as principais características de 4sale usadas para análises e edição adicionais. A 4Sale constrói um ponto de partida ideal e único para cada sequência de RNA e análise de estrutura. 4Sale, que fornece uma interface amigável e intuitiva, é uma caixa de ferramentas abrangente para análise de RNA baseada em seqüência e informação de estrutura secundária.

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