| Varscan. Detecção variante em dados de sequenciamento massivamente paralelos |
Baixe Agora |
Varscan. Classificação e resumo
- Nome do editor:
- Daniel C Koboldt
- Site do editor:
- http://www.massgenomics.org/about
- Sistemas operacionais:
- Mac OS X
- Tamanho do arquivo:
- 59 KB
Varscan. Tag
Varscan. Descrição
Detecção variante em dados de sequenciamento massivamente paralelo O VARSCAN é uma ferramenta de software gratuita e aberta, independente de plataforma, independente de plataforma, para identificar SNPs e lida com sequenciamento massivamente paralelo de amostras individuais e agrupadas. Dados dados para uma única amostra, o VARSCAN identifica e filtra variantes germinais com base em contagens de leitura, qualidade base e alelo Frequencyh. Dados dados para um par de tumor-normal, o VARSCAN também determina o estado somático de cada variante (germelo, somático ou loh) comparando as contagens de leitura entre as amostras. Aqui estão algumas características principais de "VARSCAN": · Chama SNPs e indels dos arquivos de pileup do SamTools · Filtros variantes por cobertura, profundidade de leitura, frequência variante e qualidade de base · Determina o status somático (somático, germinativo, loh) para pares normais tumorais · Compara, mescla e intercepta duas listas de variantes · Limita as chamadas variantes para um conjunto de posições alvo ou regiões de destino · Grátis para uso não comercial. Requisitos: · Java.
Varscan. Software Relacionado