Varscan.

Detecção variante em dados de sequenciamento massivamente paralelos
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Varscan. Classificação e resumo

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  • Licença:
  • Freeware
  • Preço:
  • FREE
  • Nome do editor:
  • Daniel C Koboldt
  • Site do editor:
  • http://www.massgenomics.org/about
  • Sistemas operacionais:
  • Mac OS X
  • Tamanho do arquivo:
  • 59 KB

Varscan. Tag


Varscan. Descrição

Detecção variante em dados de sequenciamento massivamente paralelo O VARSCAN é uma ferramenta de software gratuita e aberta, independente de plataforma, independente de plataforma, para identificar SNPs e lida com sequenciamento massivamente paralelo de amostras individuais e agrupadas. Dados dados para uma única amostra, o VARSCAN identifica e filtra variantes germinais com base em contagens de leitura, qualidade base e alelo Frequencyh. Dados dados para um par de tumor-normal, o VARSCAN também determina o estado somático de cada variante (germelo, somático ou loh) comparando as contagens de leitura entre as amostras. Aqui estão algumas características principais de "VARSCAN": · Chama SNPs e indels dos arquivos de pileup do SamTools · Filtros variantes por cobertura, profundidade de leitura, frequência variante e qualidade de base · Determina o status somático (somático, germinativo, loh) para pares normais tumorais · Compara, mescla e intercepta duas listas de variantes · Limita as chamadas variantes para um conjunto de posições alvo ou regiões de destino · Grátis para uso não comercial. Requisitos: · Java.


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