Pipeline de Marcador de Intron. Projeto de Intron Flanking Imers usando ESTs como modelo em espécies com limitada a nenhuma sequência genômica
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Pipeline de Marcador de Intron. Classificação e resumo

Pipeline de Marcador de Intron. Tag

seqüência Pipeline de Marcador de Intron. Tags de sequência expressa Est seqüência Husa Intron

Pipeline de Marcador de Intron. Descrição

Design de primers de flanqueamento intron usando ESTs como modelo em espécies com limitada a nenhuma sequência genômica O encanamento de pipeline de marcador Intron (Imp) foi desenvolvido como uma ferramenta automatizada para projetos de primers que flanco previu a localização de intron em tags de sequência expressas (ESTs). O Pipeline de Marcador Intron (Imp) visa descrever as espécies com limitadas a nenhum dado de sequência genômica disponível. Tudo o que é necessário para a entrada é um arquivo FASTA contendo a sequência est e outro arquivo FASTA contendo qualquer sequência genômica a ser usada para previsão intron. Isso permite a flexibilidade ideal para os usuários, permitindo que eles controlem as seqüências exatas usadas. Instruções de instalação: · Baixe a distribuição atual · Desembalecer (criará sua própria pasta contendo) usando o nome de arquivo TAR -ZXVF no terminal · Instalar os utilitários de linha de comando reaapeatmasker, blat, geneseqer e primer3 e anotar o caminho para cada Um (ex: / usr / local / compartilhar / aplicativos / primer3 / src / primers_core) · Executar Perl Install.pl no diretório base do IMP · Digite os caminhos já anotados quando requisitos solicitados: · Repingmasker. · BLAT. · Geneseqer. · Utilitário de linha de comando Primer3

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