Foca SE-AL - Aplicativo para criar vários alinhamentos de seqüência de seqüências de nucleotídeos e aminoácidos
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aminoácido alinhar Alinhador de seqüência nucleótido Alinhar sequência nucleotídica. alinhar aminoácido.

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SE-AL - Aplicativo para criar vários alinhamentos de sequência de sequências de nucleotídeos e aminoácidos O SE-AL é um aplicativo para criar vários alinhamentos de seqüência de sequências de nucleotídeos e aminoácidos. No momento, não faz nenhum alinhamento automático, mas é destinado à produção de alinhamentos manuais e para preparar a contribuição para programas de alinhamento, como programas de reconstrução de clustão e filogenia, como a Phylip e o Paup.se-AL, é particularmente útil para manipular o DNA de codificação de proteína / Sequências de RNA.Aqui são algumas principais características de "SE AL": · A importação e exportação de sequências em uma gama de formatos comumente usados. No momento, os formatos planos de Nexus, Phylip, Mega, Nbrf, Fastas, GDE e GDE são suportados. Alguns desses formatos não são confiáveis, porque o formato não está bem definido ou eu não poderia ser incomodado. Envie-me e-mail com arquivos que falham em importar. · Para seqüências de nucleotídeos de genes de codificação de proteína, o usuário pode mudar livremente entre três modo: Nucleotídeos - Edite o alinhamento no nível de bases únicas, codões - editar o alinhamento de códons em qualquer quadro de leitura e tradução - editar o alinhamento dos aminoácidos infernados traduzidos usando vários códigos genéticos (a edição feita neste modo é efetivamente feita para as sequências nucleotídicas originais, permitindo o alinhamento de aminoácidos, mas a exportação do alinhamento final como nucleótido). A mudança de quadros de leitura, reversão e complementação podem ser feitas independentemente para qualquer seqüência e desfeita. · Os alinhamentos podem ser editados selecionando um bloco de seqüências e deslizando em relação às outras seqüências. As lacunas se abrirão atrás do bloco. Essas alterações podem ser desfeitas. · Seqüências e suas etiquetas podem ser editadas em uma janela separada. Seqüências RAW também podem ser coladas de outras fontes (como arquivos de texto genbank e e-mail) nesta janela. Espaços, caracteres de formação e não-sequência (por exemplo, números) são removidos automaticamente. · Uma sequência de consenso pode ser exibida acima do alinhamento. · Os alinhamentos são salvos em um formato binário, permitindo a abertura rápida e a conservação de quaisquer transformações (ou seja, quadros de leitura, complementação ou tradução) que foram usadas. · Corte, copie e cole sequências inteiras ou seções de alinhamento dentro e entre documentos de alinhamento. Copie e cole entre o SE-AL e outros aplicativos no formato NEXUS. · Arraste e soltar seqüências, alinhamentos e regiões entre o Windows ou a outros aplicativos no formato NEXUS. · Procure motivo ou região semelhante a uma determinada seqüência (muito primitiva no momento ).

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